На Ваш первый вопрос о «полумягких» согласных был дан, как нам представляется, исчерпывающий ответ. В частности, в нашем ответе было сказано, что твердые согласные в современном русском произношении реализуются как «полумягкие» (или, если использовать фонетическую терминологию, невеляризованные) звуки в позициях перед мягкими согласными. Другими словами, твердые согласные, которые перед гласными являются веляризованными (см. наш предыдущий ответ), теряют свою веляризацию перед мягкими согласными и на слух воспринимаются как несколько менее твердые, или «полумягкие».

В том же ответе нами были приведены примеры транскрипции слов дверь, твёрдый в фонематической и фонетической транскрипции /дв’ер’/ = [д·в’ер’], /тв’ордыj/ = [т·в’ордыj], где «полумягкость» обозначена точкой вверху после согласного. Ср. двор, твой /двор/ = [двор], /твоj/ = [твоj], где первые согласные произносятся как полноценно твердые, т. е. веляризованные.

В русской фонетической транскрипции веляризованность твердых согласных традиционно не обозначается, так как она в сущности не ощущается неискушенными носителями языка. Но она может быть и обозначена. Так, в Международном фонетическом алфавите (МФА) для это цели имеется специальный символ ˠ (ср. двор [дˠвˠорˠ], твой [тˠвˠоj]), но его не принято использовать, потому что он лишь загромождает транскрипцию и практически ничего не дает. Носители русского языка не ощущают веляризованности, как, впрочем, и ее отсутствия, т. е. «полумягкости».

Другое дело твердость и мягкость согласных. Приведенные нами слова дверь и твёрдый с «полумягкими» согласными в старомосковском произношении произносились с полноценно мягкими согласными (а не «полумягкими»!): /д’в’ер’/ = [д’в’ер’], /т’в’ордыj/ = [т’в’ордыj]. Сейчас такое произношение встречается редко и рассматривается как особенность старшей нормы литературного произношения. И носители языка при некоторой тренировке легко могут научиться слышать разницу в старшей и младшей норме произношения первых согласных слов дверь и твёрдый, потому что «полумягкие» – это реализация твердых согласных, а «полноценно мягкие» – мягких: ср. /д’в’ер’/ = [д’в’ер’], /т’в’ордыj/ = [т’в’ордыj] (старшая норма) и /дв’ер’/ = [д·в’ер’], /тв’ордыj/ = [т·в’ордыj] (младшая норма).

Причастие ― это форма глагола. Соответственно, образование причастий относится к формообразованию, а глагольное формообразование использует сложную систему различных глагольных формообразующих основ, которые в школьной практике преподавания и изучения русского языка системно не изучаются.

Основными формообразующими основами глагола являются основа настоящего / будущего времени (напр.: бег-ут, выбег-ут) и основа прошедшего времени (напр.: беж-а-л), которая у большинства глаголов совпадает с основой инфинитива (напр.: беж-а-л, беж-а-ть).

В страдательных причастиях -нн- и -енн- являются вариантами одного и того же суффикса. Выбор варианта зависит от того, как выглядит основа, к которой суффикс присоединяется.

Суффикс -нн- присоединяется к формообразующей глагольной основе прошедшего времени с суффиксами -а-, -я-, напр.: прочит-а-л – прочит-а-нн-ый, засе[j-а]-л – засе[j-а]-нн-ый, изгн-а-л – изгн-а-нн-ый; этот же суффикс выделяется в причастии вид-е-нн-ый (от вид-е-л) и приставочных от него увид-е-нн-ый (от увид-е-л) и т.п.;

Суффикс -енн- присоединяется к другим глагольным формообразующим основам, все эти основы заканчиваются на согласный:

1) к основам глагола 3-го лица множественного числа настоящего / будущего времени у глаголов II спряжения на -ить с согласным корня, не чередующимся при образовании различных форм (без учета чередований по твердости-мягкости), а также у глаголов с инфинитивом на -ти и -сть, напр: выдел-ят (не выдел-и-л) – выдел-енн-ый, сплет-ут (не спл-ё-л)– сплет-ённ-ый, съед-ят (не съ-е-л) – съед-енн-ый и т.п.;

2) к основам глагола 1-го лица единственного числа настоящего / будущего времени у других глаголов II спряжения с губным или переднеязычным согласным в конце корня, где имеют место чередования согласных, напр.: затопл-ю (не затоп-и-л, не затоп-ят) – затопл-енн-ый , оскорбл-ю (не оскорб-и-л, не оскорб-ят) – оскорбл-енн-ый, заморож-у – (не замороз-и-л, не замороз-ят) – заморож-енн-ый, выращ-у (не выраст-и-л, не выраст-ят) – выращ-енн-ый, повеш-у (не повес-и-л, не повес-ят) – повеш-енн-ый и т. д.;

3) к основе, которая выводится из форм 2-го и 3-го лица единственного числа или форм 1-го и 2-го лица множественного числа настоящего / будущего времени у глаголов на -чь, напр.: увлеч-ешь, увлеч-ет, увлеч-ем, увлеч-ете (не увлек, не увлек-ут, не увлек-у) – увлеч-енн-ый и т. д.;

4) к основам некоторых глаголов на -дить, которые образуют причастия с чередованием «старославянского типа» д // жд // ж, которого нет ни в одной из других глагольных форм, напр.: награжд-енн-ый (ср.: наград-и-ть, наград-и-л, награж-у, наград-ишь, наград-ит, наград-им, наград-ите, наград-ят) и др. 

В этом случае нужно использовать один знак для закрытия кавычек (и два знака открывающих кавычек соответственно).

Мы обычно используем курсив. Так уж повелось, что в словарях и справочниках примеры обычно выделяют курсивом, мы следуем этой традиции.

Как и тридцать лет назад, сейчас кофе может употребляться как существительное мужского рода и как существительное среднего рода. Эти варианты по-прежнему неравноправны: мужской род – строгая литературная норма (в образцовой речи), средний род – допустимое разговорное употребление (но не ошибка). Современные словари русского языка, как правило, указывают: кофе, м. и (разг.) с. Но могут и ограничиться указанием строгой нормы (особенно если это издания, адресованные работникам эфира).

Нормы языка фиксируются словарями, а словари составляют лингвисты, одна из задач которых – наблюдать за развитием языка и фиксировать происходящие в нем изменения. Особой «инстанции, ведающей чистотой русского языка» не существует, хотя в каком-то смысле такой инстанцией можно считать Институт русского языка им. В. В. Виноградова РАН, в задачи которого входит кодификация норм литературного языка в нормативных словарях, грамматиках, справочниках по культуре речи. Но академические словарные проекты выполняются и в других учреждениях, в том числе в Институте лингвистических исследований РАН, выпускающем многотомный Большой академический словарь русского языка – самый значительный по объему нормативной лексики словарь русского языка.

Разница в типах текстов: такие названия не выделяются кавычками в специальных текстах, но выделяются в текстах обычного характера. Например, в "Справочнике агронома" будут упомянуты тюльпан Черный принц и георгин Светлана, а в художественном произведении — тюльпан "Черный принц" и георгин "Светлана".

Такое задание в высшей степени некорректно, поскольку лучшие лингвисты-синтаксисты готовы полемизировать по поводу ответа. Но предпочтительным является вариант с включением слова капитан в состав подлежащего. Это слово (капитан) стало бы приложением к имени, если бы оказалось в постпозиции (где станет обособленным: Себастьян Кабот, испанский капитан...). Мы бы за такие задания (вернее, за умысел засчитать как ошибку включение / невключение капитана в состав подлежащего) отправляли в Южную Америку по следам капитана без обратного билета.

Проблема ведь еще и в том, что испанский — определение именно к капитану, а не к имени и не к сочетанию капитана и имени, иначе получится, что подразумевается, будто был испанский капитан Себастьян Кабот, а был еще, скажем, и португальский капитан Себастьян Кабот. Но тогда и это определение нужно включать в подлежащее, что уже совсем странно. Так что мы бы в конечном счете пришли к выводу, что подлежащее — капитан, а его имя — приложение к нему (такие приложения обособлять не обязательно). Но ни на одном сайте, о которых Вы упоминаете, оно не предусмотрено. Хотя любому человеку, хотя бы раз пытавшемуся разобраться с приложениями, известно, что в сочетаниях нарицательного и собственного имен приложением может быть и то, и другое, причем при одном и том же порядке слов. История с приложениями вообще крайне запутанна, противоречива и, по сути, теоретически не разработана.

Да, в этих случаях запятая необходима.

Пунктуационные ошибки есть и во втором, и в четвертом примере.