Это слово не закреплено словарями. Норма его написания устанавливается на наших глазах, и сейчас конкурируют разные варианты.

Наиболее соответствующим системе русского языка является написание коронокризис. Существительное образовалось от слов коронавирус и кризис. Гласная о между основами пишется по правилу о соединительной гласной между частями сложного слова. А существительные с соединительной гласной, опять-таки по правилу, должны писаться слитно. 

Асистемное написание с а провоцируется уже хорошо освоенным заимствованным термином коронавирус и игрой слов (существительное корона стало употребляться в значении «коронавирус» и само по себе экспрессивно). Интересно, что на начальном этапе освоения термина коронавирус его орфография колебалась: носителям русского языка хотелось писать его с гласной о. Однако норма с а была установлена еще до начала эпидемии на основе этимологии и закрепившегося употребления у специалистов, зафиксирована академическим орфографическим словарем (подробнее об этом в ответе № 305085). В новообразовании также значительно преобладает написание с а. Через дефис слово пишут часто, но все же реже, чем слитно. Ближайшая, широко известная аналогия оказывается сильнее системы.

Так как слово еще осваивается языком, выбор его орфографии пока остается за пишущими. И каждый может повлиять на его судьбу – встанет ли оно в один ряд со словами, орфография которых подчиняется общим законам, или окажется исключением, обусловленным влиянием особых языковых и внеязыковых факторов.

Мягкий, словно пластилин - это выражение не является устойчивым. Запятая ставится.

А каков Ваш вопрос? Насчет чего нужно составить мнение?

Союз а также пишется в два слова.

Слово комильфо — заимствованное из французского языка устойчивое выражение, которое исходно имеет значение (букв.) ‘как надо, как следует’. Практически сразу оно начало употребляться в роли прилагательного и наречия (синонимы — приличный, прилично, пристойный, пристойно и т. п.). Как многие оценочные прилагательные, оно быстро начало использоваться и как существительное, дающее оценку человеку в целом. Именно в этом значении мы встречаем его, например, в автобиографической трилогии Л. Н. Толстого, оно же зафиксировано и в словарной статье.

В приведенном вами предложении слово использовано тоже как существительное, но в значении опредмеченного качества: со всеми необходимыми в подобных случаях приличиями. Такое употребление слова комильфо нельзя признать безукоризненным, это очевидная вольность. Но ничем иным, кроме как существительным, это слово в данном предложении признано быть не может, потому что только существительное обладает способностью подчинять себе определения (всем необходимым).

Это подлежащее, местоимение стоит в именительном падеже.

Говоря о нарицательных словах, вы, вероятно, имеете в виду правило 1956 года: «После согласных пишется е, кроме слов пэр, мэр, сэр, а также некоторых собственных имен, например: Улан-Удэ, Бэкон, Тэн». С середины ХХ века список исключений к правилу значительно пополнился новыми заимствованиями (например: бэкграунд, сэндвич (наряду с сандвич), фэнтези, хетчбэк), а также старыми словами, которые устойчиво писались с э вопреки правилу и первоначальной фиксации в орфографическом словаре (пленэр, мэтр). Более полный список слов с э дан в справочнике ресурса «Орфографическое комментирование русского словаря» (см. правило 6).  

Для русской передачи иностранных собственных имен были разработаны специальные рекомендации, см., например:

Р. С. Гиляревский, Б. А. Старостин. Иностранные имена и названия в русском тексте. 3-е изд., испр. и доп. М., 1985;

Инструкция по русской передаче английских географических названий / Гл. упр. геодезии и картографии при Совете Министров СССР. М., 1975. 

В первом случае сравнительный оборот входит в состав именного сказуемого (было как тетива или леса), во втором — образует обособленную конструкцию (сказуемым здесь служит сочетание широкие и сильные).

В этом случае фактор имени собственного сильнее: имя собственное действительно характеризует предмет как единственный и вполне конкретный, а несогласованное определение, пусть и обозначающее постоянный признак, несет в себе добавочную, попутную информацию. Соответственно, обособление требуется: Базардюзю, высотой 4466 метров, носит титул самой высокой горы Дагестана; Гора Базардюзю, высотой 4466 метров, носит титул самой высокой горы Дагестана. Сравним вариант, в котором несогласованное определение называет не просто постоянный, а отличительный признак горы: Базардюзю, гора высотой 4466 метров, носит титул самой высокой горы Дагестана.

В справочниках можно найти лишь информацию о постановке знаков препинания при союзе в том числе в случаях, когда союз имеет значение ‘включая что-либо, кого-либоʼ и начинает присоединительный оборот, то есть когда в предложении названо то целое, частью которого является присоединяемое с помощью в том числе. Случаи, когда союз лишь показывает, что помимо того, о чем говорится в предложении, подразумевается что-то еще (то есть ‘не только, но и’), в справочниках не рассмотрены. Об этом пишет М. М. Харченко в статье, посвящённой нерешённым проблемам современной пунктуации. В статье приводятся примеры из текстов публицистического и официально-делового стилей, аналогичные приведённым Вами. Судя по ним, в практике письма встречаются разные варианты постановки знаков препинания при таком «самостоятельном» в том числе.

Очевидно, здесь играет роль не само по себе наличие в том числе, а какие-то другие факторы. Так, в первом из примеров логическое ударение несёт на себе сочетание снижает эффективность работы указанных сотрудников, а то, что начинается с в том числе, служит добавочным замечанием, то есть представляет собой присоединительный оборот: ...текущий размер мониторов снижает эффективность работы указанных сотрудников, в том числе при выполнении ими ключевых задач предприятия. Во втором же примере логическое ударение приходится на часть, которая начинается с в том числе (и), что не предполагает обособления оборота: ...уничтожение молодых зеленых насаждений происходит в том числе и по причине чрезмерной охоты на хищников.

Отметим, что употребление оборота с «самостоятельным» в том числе во многих случаях выглядит стилистически неудачным – см., например, ответ на вопрос 308092.