Корректно: прямое и переносное значение слова. В «Справочнике по правописанию, произношению, литературному редактированию» Д. Э. Розенталя, Е. В. Джанджаковой, Н. П. Кабановой дана такая рекомендация: «Имя существительное, которому предшествует два или несколько определений, указывающих на разновидности предметов, ставится в форме единственного числа, если перечисляемые разновидности предметов или явлений внутренне связаны, например в сочетаниях терминологического характера». Это как раз наш случай.
Корректно: заморозьте карту всего за пару (с помощью всего пары) кликов.
Верно: о трёх тысячах университетов.
Фраза синоптикам свойственно ошибаться корректна, сочетаемость кому-либо свойственно что-либо не ошибочна.
Мы не видим разницы между вариантами две сейю и две сейю.
Предпочтительно: оказала содействие примерно / приблизительно 300 (трёмстам) гражданам.
В шутку - можно. Но употребительнее: растащить на что-либо (ср.: растащить забор на дрова).
Ваши доводы представляются вполне логичными, уместно написание Тетрадь смерти (если речь идет о конкретном магическом предмете). Но и написание строчными вполне возможно, раз такой предмет в мире этого произведения не является уникальным.
Правильно: в Самаре.