В светской литературе мы уверенно порекомендуем использовать форму противостои(те). Помимо указанных Вами источников, она зафиксирована в «Орфоэпическом словаре русского языка» под ред. Н. А. Еськовой. Полагаем, что в религиозной литературе возможно употребление разных форм в зависимости от стиля и жанра текста. В высоком стиле будет уместна форма, выбранная для Синодального перевода Библии, а для текстов, стилистически ориентированных на современную светскую речь, лучше употреблять «светскую» форму.

На второй вопрос нужно ответить утвердительно. В толковых словарях помета кому-чему относится к слову в целом, а не к отдельным значениям, в НКРЯ примеров сочетаний противостоять + одушевленное существительное очень много.

Спасибо за интересные вопросы и материалы для размышления! 

Эти прилагательные образованы от разных существительных:

МЕТОДИКА, -и; ж. [от греч. methodikē - правила речи] чего. 1.Совокупность методов, приёмов практического выполнения чего-л. М. научного исследования. М. сварки труб большого диаметра. 2.Раздел педагогики, рассматривающий методы преподавания учебных предметов, воспитания кого-л. М. преподавания истории.М. дошкольного воспитания. <Методический (см.). 

МЕТОДОЛОГИЯ, -и; ж. [от греч. méthodos - метод и lógos - учение] чего и с опр. Методы, приёмы, используемые при познании чего-л. и объединённые общей целью, задачей и т.п. М. описания истории. Материалистическая м. <Методологический, -ая, -ое. М-ие приёмы. М-ая позиция. Методологически, нареч. М. точно отразить явление. 

Действующие правила правописания не предусматривают написание каких-либо отдельных слов полностью прописными буквами. Как правило, таким способом последовательно пишутся только заголовки, логотипы, а также некоторые наименования, функционирующие вне текстовой среды (например, так написаны названия станций метро на стенах самих станций, названия магазинов на вывесках и др.). В остальных случаях caps lock обычно неуместен.

Однако мы должны отметить, что в последнее время написание прописными буквами входит в число приемов графического выделения текста - наряду с курсивом, полужирным написанием, подчеркиванием, использованием разных шрифтов и кавычек. В свою очередь приемы шрифтового выделения регулируются не правилами правописания, а нормами редакционно-технического оформления.

Слово библиотекарист не зафиксировано нормативными словарями современного русского литературного языка и не встречается вне контекста наименования недавно переведенного на русский язык романа Патрика де Витта. Можем предполжить, что такое наименование было выбрано затем, чтобы не возникало путаницы с романом Михаила Елизарова "Библиотекарь" (2012). При этом стоит отметить, что существительное библиотекарист отнюдь не противоречит тенденциям в развитии языка: суффикс -ист под ударением при добавлении к основе существительного образует существительное со значением «тот, кто связан с указанной в основе деятельностью, профессией, орудием или материалом труда» ◆ футбол → футболист, футболистка ◆ трактор → тракторист, трактористка ◆ филателия → филателист, филателистка и т. п.

Такое написание не ошибка, но это очень недружелюбно по отношению к читателю: римскими цифрами обычно обозначают века. Читателю придется тратить дополнительные усилия, чтобы понять смысл сочетания. Не очень понятно, для чего это нужно автору текста.

Аргументировать можно так. Перенос мура-вьи, дере-вья не нарушает ни одного из правил переноса. Неправильным был бы перенос муравь-и, деревь-я: нельзя переносить в следующую строку одну букву. Неправильным был бы перенос мурав-ьи, дерев-ья: нельзя отделять от предшествующей согласной буквы ъ и ь. Неправильным был бы перенос мур-авьи, дер-евья: не разрешается отделять гласную букву от предшествующей согласной (если только эта согласная – не последняя буква приставки). Перенос мура-вьи, дере-вья ни одного правила не нарушает.

Ну и, наконец, вопрос, на который комиссии будет непросто ответить. § 119 официально действующих «Правил русской орфографии и пунктуации» 1956 года приводит в качестве примера правильного переноса бу-льон. Если можно перенести бу-льон, почему нельзя перенести мура-вьи, дере-вья?

Существительное, стоящее после двух определений-прилагательных, употребляется в форме множественного числа при намерении или необходимости подчеркнуть, что речь идет не об одном, а о нескольких предметах или понятиях. Такова общая рекомендация для конструкций обсуждаемого типа. Практика свидетельствует, что эта грамматическая норма часто применяется в деловой речи. Уточним по словарям русского языка, употребляется ли слово инфраструктура в форме множественного числа. Да, эта форма возможна, но нельзя не обратить внимание на то, что в толковых словарях сведения о ней не представлены. Вероятно, форма множественного числа встречается в специальных, профессиональных текстах. Резюме: учитываем стилистические особенности создаваемого текста, смысловые признаки составляемого предложения, устремления авторского замысла и принимаем окончательное грамматическое решение.  

Глаголы "присутствовать", "находиться" и "числиться" различаются в первую очередь смысловыми оттенками, в конечном счете выбирать Вам исходя из требуемого содержания. Если в Вашем случае нельзя избежать использования слов "в подведомственности", то следует просто руководствоваться толковым словарем. Обратите внимание на синонимические ряды (приводим синонимы только для актуальных значений): присутствовать = иметься, наличествовать; находиться = располагаться, быть, пребывать; числиться = "иметься у кого-либо или быть в каком-либо состоянии согласно записи, документу и т. п.". Просим также обратить внимание на то, что глагол "присутствовать" в указанном значении вполне корректно сочетается с неодушевленными существительными.

Кстати, сочетание "подразделение организации находится на территории, подведомственной определенному налоговому органу" кажется нам более удачным. Может быть, так и оставить?