Юрий, Ваша подборка впечатляет. Мы обязательно передадим эти сведения в орфографическую комиссию РАН.

В названиях войн (как и вообще в названиях исторических эпох и событий, календарных периодов) с прописной буквы пишется первое слово и входящие в состав названия имена собственные: Испано-американская война, Франко-прусская война, Русско-турецкая война 1877–1878, Война Алой и Белой розы, Война Севера и Юга. Во множественном числе написание с прописной буквы первого слова в большинстве случаев сохраняется: Греко-персидские войны, Итало-эфиопские войны,  Русско-турецкие войны, Балканские войны.

Что касается пункта В: слова первая, вторая пишутся с прописной в, если можно так выразиться, официальных названиях войн, напр.: Первая мировая война, Вторая мировая война. Название первая арабо-израильская война таковым не является, поэтому корректно его писать строчными (но с прописной – общепринятое собственное название Арабо-израильская война 1948–1949). То же касается второй греко-персидской войны: поскольку собственное название исторической эпохи – Греко-персидские войны, такие сочетания, как первая греко-персидская война, вторая греко-персидская война и под., представляется правильным писать строчными.

Действительно, запятая в этом сочетании обычно не ставится.

Слово чинить 'исправлять, делать годным для дальнейшего употребления, действия' вовсе не просторечное и даже не разговорное, оно стилистически нейтральное и общеупотребительное – как и ремонтировать. Одинаково правильно, например, чинить часы и ремонтировать часы, чинить стол и ремонтировать стол, чинить одежду и ремонтировать одежду. Но эти слова не всегда взаимозаменяемы – так, квартиру можно ремонтировать, но не чинить.

Правильно с запятой: Неясно, что имелось в виду. Лисичка сообщила, что умеет готовить. Запятая ставится в любом случае.

Глаголы "присутствовать", "находиться" и "числиться" различаются в первую очередь смысловыми оттенками, в конечном счете выбирать Вам исходя из требуемого содержания. Если в Вашем случае нельзя избежать использования слов "в подведомственности", то следует просто руководствоваться толковым словарем. Обратите внимание на синонимические ряды (приводим синонимы только для актуальных значений): присутствовать = иметься, наличествовать; находиться = располагаться, быть, пребывать; числиться = "иметься у кого-либо или быть в каком-либо состоянии согласно записи, документу и т. п.". Просим также обратить внимание на то, что глагол "присутствовать" в указанном значении вполне корректно сочетается с неодушевленными существительными.

Кстати, сочетание "подразделение организации находится на территории, подведомственной определенному налоговому органу" кажется нам более удачным. Может быть, так и оставить?

Спасибо за уточнение! Защищать слитное написание мы не готовы и не видим в этом смысла. Но в орфографическую комиссию об этом слове обязательно сообщим. 

Это не суржик, это бытовое просторечие.

Слово немец образовано от древней праславянской основы *nemъ, к которой восходит и прилагательное немой. В древнерусском языке немъ, немый означало не только 'лишенный способности говорить', но и 'говорящий непонятно, неясно'. Немцами поэтому на Руси сначала называли всех иностранцев (т. е. всех, кто говорил на непонятном языке), затем – только европейцев. В словаре Даля указано: немец –  не говорящий по-русски, всякий иностранец с запада, европеец (азиаты – бусурмане); в частности же, германец.

Со временем значение слова немец еще более сузилось и стало обозначать только жителя Германии, представителя немецкого народа. Таково и современное значение этого слова. Слово  германцы тоже входит в состав современного русского литературного языка, однако употребляется в значении 'древние племена, населявшие центральную, западную и юго-западную Европу; люди, принадлежащие к этим племенам'.

Корректно раздельное написание. Частица не выражает отрицание, не создавая нового слова, тогда как с помощью приставки не- создается слово. Но здесь отрицается понятие, а не создается новое.