Маркиз де Велада — это испанский дворянский титул, де Велада в нём не является фамилией, а обозначает отнесённость к территории под названием Велада. В этом сочетании действительно склоняется только слово маркиз: маркиза де Велада, маркизу де Велада и т. д. Если же де Велада становится фамилией, тогда её следует склонять: де Велады, де Веладе и т. д.

Точка в конце заголовка, состоящего из одного предложения, не ставится. В двучленном заголовке точка ставится лишь после первого предложения.

Таком образом, верен вариант без точки.

По поводу каких именно знаков возник спор?

Сочетания сидячие места, стоячие места  не являются неправильными. Слова сидячий и стоячий зафиксированы словарями русского языка (с примерами: сидячее место, стоячие билеты). Словари отмечают, что эти слова являются разговорными, а это означает, что в устной речи они вполне допустимы. В строгих формах письменной речи возможны сочетания: места для сидения, места для стояния.

Единственный способ разрешения этой дилеммы, который мы можем предложить, — не помещать слова типа α-белок в начало предложения. 

Вы правы: запятая в этом случае не ставится. Во всех приведенных Вами примерах запятая перед и не нужна. В справочниках по правописанию это правило нужно искать в разделе «Знаки препинания в сложносочиненном предложении».

Эта рекомендация, приведенная в справочнике Д. Э. Розенталя, устарела, она не соответствует современной норме письма. Несколько лет назад в Институте русского языка им. В. В. Виноградова РАН была подготовлена новая редакция правил употребления прописных и строчных букв, отвечающая орфографической практике конца XX – начала XXI века и одобренная Орфографической комиссией при Отделении историко-филологических наук РАН. Эти правила приведены в полном академическом справочнике «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина, в орфографическом словаре В. В. Лопатина, И. В. Нечаевой, Л. К. Чельцовой «Прописная или строчная?». Согласно этим правилам, в названиях улиц, площадей, бульваров и т. п. с прописной буквы пишутся все слова, кроме родовых терминов (самих слов улица, площадь, переулок, проспект, бульвар и т. п.), а также слов года, лет. Таким образом, правильно: улица Каретный Ряд, улица Кузнецкий Мост, улица Борисовские Пруды, площадь Никитские Ворота.

Отметим также, что в некоторых более поздних изданиях справочника Д. Э. Розенталя (вышедших в свет уже после смерти автора) тоже рекомендуется писать улица Каретный Ряд, площадь Никитские Ворота (т. е. в эти издания внесены изменения), но в некоторых изданиях еще повторяется старая рекомендация (Каретный ряд).

Сформулируйте, пожалуйста, Ваш вопрос.