Дело в том, что формы в Домодедове, Митине, Бибиреве, Сколкове отнюдь не новые, а, наоборот, старые, отвечающие строгой литературной норме. Склоняемый вариант изначально был единственно правильным, несклоняемый (в Домодедово, Митино, Бибирево, Сколково) распространился относительно недавно и пришел из речи военных и географов (возник он как раз потому, что  очень важно было давать названия в исходной форме, чтобы не было путаницы: Иванов или Иваново). В современном русском языке, действительно, допустимы оба варианта: старый (в Домодедове, в Иванове, в Бирюлеве) и новый (в Домодедово, в Иваново, в Бирюлево); если же топоним употребляется с родовым словом (город, село, район и т. п.), он не склоняется: в городе Иваново, в районе Бирюлево.

Увы, в базовых справочниках нет правила об употреблении висячего дефиса перед второй частью слова, в случае если общей частью является первый компонент сложения. Однако лингвисты обратили внимание на эту лакуну. Так, со ссылкой на статью Б. З. Букчиной «Висячий дефис» (Современная русская пунктуация. М., 1979) Д. Э. Розенталь в «Справочнике по русскому языку: орфография и пунктуация» приводит следующие примеры: «...инженер-механик, -металлург, -электрик (общий компонент — первая часть сложения, дефис пишется перед второй частью)». Н. А. Николина в статье «Висячий дефис и его употребление в современной речи» (Русский язык в школе. 2015. № 11) отмечает: «Традиционно считается, что в конструкциях с висячим дефисом сокращению подвергается первый компонент сочетания. Однако в современной речи сокращаемый элемент может занимать и препозицию по отношению к слову с общей частью. Дефис при этом служит сигналом ее пропуска и значимого отсутствия». Например: телораздирающее и -ломающее соло Татьяны (И. Губская).

Можно заключить, что базовые справочники нуждаются в дополнении. Однако употребление висячего дефиса перед второй частью вполне корректно.

Приводим формулировки правил.

В названиях, начинающихся на Северо- (и Северно-), Юго- (и Южно-), Восточно-, Западно-, Центрально-,  с прописной буквы пишутся (через дефис) оба компонента первого сложного слова, напр.: Северо-Байкальское нагорье, Восточно-Китайское море, Западно-Сибирская низменность, Центрально-Черноземный район, Юго-Западный административный округ. Так же пишутся в составе географических названий компоненты других пишущихся через дефис слов и их сочетаний, напр.: Индо-Гангская равнина, Волго-Донской канал, Военно-Грузинская дорога, Алма-Атинский заповедник.

В названиях учреждений, организаций, начинающихся географическими определениями с первыми компонентами Северо- (и Северно-), Юго- (и Южно-), Восточно-, Западно-, Центрально-, а также пишущимися через дефис прилагательными от географических названий, с прописной буквы пишутся, как и в собственно географических названиях, оба компонента первого сложного слова, напр.: Северо-Кавказская научная географическая станция, Западно-Сибирский металлургический комбинат, Санкт-Петербургский государственный университет, Орехово-Зуевский педагогический институт, Нью-Йоркский филармонический оркестр.

Прилагательные, образованные от географических названий, пишутся с прописной буквы, если они являются частью составных наименований – географических и административно-территориальных, индивидуальных имен людей, названий исторических эпох и событий, учреждений, архитектурных и др. памятников, военных округов и фронтов. В остальных случаях они пишутся со строчной буквы. Например: северокавказская природа и Северо-Кавказский регион, Северо-Кавказский военный округ.

См.: Правила русской орфографии и пунктуации. Полный академический справочник / Под ред. В. В. Лопатина. М., 2006 (и более поздние издания).

Название заведения нужно писать в соответствии с учредительными документами. А так как слово кофе?культ словарями не зафиксировано и подпадает под разные орфографические правила, то возможны и разные варианты написания. Связано это с тем, что часть кофе допускает несколько трактовок: 1) как часть с соединительной гласной е, 2) как первый компонент в сочетании существительного с приложением, 3) как сокращение слова кофейный. Возможность неоднозначной трактовки приводит к возможности применения разных правил.

Сложные существительные, содержащие соединительную гласную на стыке частей, пишутся слитно, например: паровоз, бактерионоситель, птицеферма, вишнеслива, волколис, религиоведение, музееведение. Этому правилу подчиняются слова кофеварка, кофемашина, кофемолка, кофезаменитель. 

Сложные существительные и сочетания с однословным приложением, если в их состав входят самостоятельно употребляющиеся существительные и обе части или только вторая часть склоняются, пишутся через дефис, например: альфа-частица, баба-яга, бас-гитара, бизнес-тур, гольф-клуб, шоу-бизнес, а также кофе-пресс, кофе-автомат, кофе-брейк, кофе-пауза, кофе-порошок, кофе-суррогат.

Сложносокращенные слова пишутся слитно, напр.: главбух, госзаказ, детсад,  домработница, жилплощадь, завскладом, канцтовары, спорткафе. Ср.: кофейная машина – кофемашина.

Новым словам приходится встраиваться в эту систему орфографических закономерностей. По первому и третьему правилу можно написать кофекульт, по второму – кофе-культ. А ведь еще культ может стать собственным названием кофе (кофе «Культ») или видом кофе (кофе культ).

Большой толковый словарь

Это предложения разговорной речи. Д. Э. Розенталь писал, что при пунктуационном оформлении текстов разговорной речи возникают различные трудности. «В некоторых случаях представляется возможным находить какие-то соотношения между конструкциями разговорной речи и конструкциями речи книжной (кодифицированного литературного языка), проводить аналогию между теми и другими; иногда такое сопоставление невозможно и приходится искать особые критерии для решения вопроса о знаках препинания в текстах разговорной речи. Чаще всего пишущие опираются на интонацию». Он приводит такие близкие к Вашему примеры: 

А кино, что, сегодня не будет? — А кино, что? сегодня не будет?

Еще Д. Э. Розенталь писал о том, что запятой отделяются слова что, а что, что же, обозначающие вопросы, например: Что, если я кликну клич? (Т.) («что будет, если…»); А что, если он прячется в глубине лесов? (Каз.); Что, если в самом деле он [городничий] потащит меня в тюрьму? (Г.); Что, ему лет двадцать пять, не больше? (Л.Т.), и что в некоторых подобных случаях возможны пунктуационные варианты в зависимости от значения, которое вкладывается в местоименное слово, ср.:

Ты что же не идёшь с нами? («почему»). — Ты что же, не идёшь с нами? («что делаешь?», пауза после что же).

Полагаем, что и в Вашем примере возможны интонационные варианты, следовательно и варианты пунктуационного оформления.

В данном предложении нарушение пломб (и т. д.) входит в понятие вмешательства в работу прибора учета. То есть нарушение пломб — это один из видов вмешательства в работу прибора. На это указывает союз в том числе.

Действительно, рекомендации словарей претерпели изменения, языковая норма меняется.

«Словарь современного русского языка в 17 томах» в 1991 году отмечал только вариант броня (указывая на бронь как просторечное, нелитературное слово). В новом же издании словаря («Большой академический словарь русского языка», том 2, 2005 г.) есть броня (общеупотребительное) и разговорное бронь 'официальное закрепление за кем, чем-либо льготных прав на пользование чем-либо, получение чего-либо'.

Вот как это слово раньше фиксировали словари. 

• В «Толковом словаре русского языка» под ред. Д. Н. Ушакова – два ударения при одном заголовочном слове: броня. Значения слова объединены в одной словарной статье: 'воинский доспех'; 'защитная облицовка'; 'запрет, налагаемый властью на какие-либо предметы общего пользования с целью обеспечить их для кого-либо, для каких-нибудь государственных нужд' (новое, официальное слово); 'предметы, на которые наложен такой запрет' (новое, разговорное слово); 'право пользования такими предметами, документ на это право' (новое, разговорное слово).
•  В «Словаре русского языка» С. И. Ожегова (1952) – броня и просторечное бронь. Такая рекомендация сохранялась в последующих изданиях словаря, а также в большинстве других нормативных источников.
• В «Кратком словаре трудностей русского языка» Н. А. Еськовой: только броня в значении 'закрепление за кем-чем-либо': броня на билеты. Восклицательным знаком сопровождается помета: «!неправильно ед. им. и вин. бронь».
• А вот в «Большом толковом словаре русского языка» под ред. С. А. Кузнецова – только бронь. Другого варианта нет.

Приводим рекомендации из рубрики "Письмовник" нашего портала:

У слова запасной производящим является существительное запас, образованное в общеславянский период префиксальным способом (приставка за-) от глагола пасти, который в то время имел значение ‘беречь, хранить’. До сих пор приставка за- и корень пас- узнаваемы и при собственно морфемном анализе выделяются на основе аналогического членения (см., например, «Словарь морфем русского языка» А. И. Кузнецовой и Т. Е. Ефремовой).

В современном языке глагол пасти имеет значение ‘заниматься присмотром за скотом и птицей во время выгона на подножный корм’. Непосредственные смысловые связи между словами пасти и запас утрачены. Поэтому при синхроническом словообразовательном анализе слово запас считается непроизводным, приставка в нем не выделяется, как и в других образованных от него словах.

Замечательный — это отглагольное прилагательное, образованное от глагола замечать с помощью суффикса -тельн-. Этимологически в производящем глаголе выделяются приставка за- и корень -мет-. Такое же членение рекомендуется и при собственно морфемном анализе.

В современном языке глагол заметить имеет значение ‘восприняв зрением, увидев, обратить внимание, выделить каким-л. образом для себя’, а глагол метить — ‘ставить отличительный знак, метку на ком-, чём-либо’. Смысловые связи между этими глаголами утрачены. Поэтому при синхроническом словообразовательном анализе приставка в самом слове замечать и в производных от него не выделяется.