Ответы справочной службы
Предпочтительно раздельное написание.
Приведенного Вами контекста теперь достаточно, чтобы ответить на вопрос. Поскольку во второй части предложения есть соотносительное слово то, запятая между что и если не ставится: ...понял, что если ему удастся спасти Источник (...), то, пожалуй, всё здесь со временем придёт в норму...
Слова тем не менее вводными не являются. О пунктуационном оформлении этих слов см. в «Справочнике по пунктуации».
Запятую нужно поставить. Союзное слово "пока" разделяет части сложного предложения.
Справочники
ПОЖАЛУЙ, вводное слово Выражает допущение, возможность чего-либо (то же, что «наверное, вероятно, может быть»), а также некоторую предпочтительность какого-либо действия (то же, что «лучше»). Подробно о пунктуации при вводных словах и сочетаниях см. в Прил. 2. У тебя, я знаю, мягкая душа: ты, пожалуй, и по гривеннику станешь отваливать. И. Гончаров, Обыкновенная история. Из красных я пью Кло-де-Вужо-вье-сек или, пожалуй, Кло-де-Руа-Кортон... А. Чехов, В вагоне.
...ПОЖАЛУЙ, вводное слово Выражает допущение, возможность...