Двойные согласные перед суффиксами сохраняются, однако перед суффиксом -к- вместо двойной согласной пишется одиночная буква н: финн, но финка; антенна, но антенка; колонна, но колонка; тонна, но трехтонка. См. подробнее в «Правилах русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина (§ 109).

Написание ванная является отступлением от морфологического принципа орфографии, в соотвествии с которым следовало бы писать *ваннная (← ванн-а + -н-, суффикс прилагательного). 

Дело в том, что в русском языке "есть только две степени долготы согласных: согласные могут быть либо долгими (что на письме передается написанием двух букв, ср. касса), либо недолгими (что передается написанием одной буквы, ср. коса). Третьей степени долготы согласных не существует, поэтому написание трех одинаковых согласных фонетически бессмысленно" [Иванова В. Ф. Современный русский язык. Графика и орфография. М., 1976. С. 168-169]. Таким образом, оказывается, что написание на стыке морфем только двух согласных, хотя морфологически таких согласных должно быть три (ванна — но ванная, хотя к корню ванн- здесь присоединяется суффикс прилагательного -н-), или одной согласной, когда по морфологическому принципу должны быть написаны две (кристалл — но кристальный, финн — но финский, финка, колонна — но колонка, манная — но манка, форменный — но форменка, оперетта — но оперетка, тонна — но пятитонка), объясняется действием исторически сложившихся фонетических закономерностей русского языка.

Правило звучит так: в составных названиях важнейших документов и сборников документов, государственных законов, а также архитектурных и других памятников, предметов и произведений искусства с прописной буквы пишется первое слово и собственные имена. Но при этом начальное родовое наименование в подобных названиях архитектурных и других памятников, произведений искусства пишется со строчной буквы. Ср.: дворец Белосельских-Белозерских (дворец — родовое слово), но Дворец конгрессов, Дворец наций (Дворец — первое слово названия). Сложность как раз в том, чтобы определить границы имени собственного, не всегда это можно сделать легко и последовательно.

В приведенных Вами примерах корректно: палаццо Колонна, дворец Александра III в Массандре (ср.: Массандровский дворец), Арсенальная комната Царскосельского дворца (может, использовать современное название — Екатерининского?), парадная анфилада Царскосельского дворца, Малый Трианон, центральный вестибюль замка Шамбор, вилла «Черный лебедь», вилла «Ротонда». 

Сложнее всего, кажется, с названием д/Дом ф/Фавна. Возможно написание дом Фавна (тем более в ряду перечисления других домов  в Помпеях), но в условиях контекста может быть уместно использовать прописную как раз в первом слове, чтобы избежать модели «дом, принадлежащий...» и подчеркнуть, что речь идет о памятнике архитектуры.

Написание кристальный надо запомнить как исключение.  Таких слов-исключений, где двойные согласные упрощаются, не очень много, вот основные: кристальный, кристален (хотя кристалл), акапельный, акапельно (хотя а капелла), финский, Финляндия (но при этом финны), оперетка, опереточный (хотя оперетта), будёновка (хотя Будённый).

Кроме того, регулярно упрощается сочетание согласных нн перед суффиксами -к-, -чат-, -ец, -щин-, -и/ь(е), напр.: манка (манная), колонка (колонна), колончатый (колонна), трехтонка (тонна), антенка (антенна), оборонка (оборонн-ый), выделенка (выделенн-ый) и др. Упрощаются двойные согласные в уменьшительных и фамильярных формах личных имен с суффиксом -к-, напр.: Алка (Алла), Жанка (Жанна), Савка (Савва). 

Написания кристаллик, кристаллический подчиняются общему правилу, написание двойных согласных здесь сохраняется.

В таких случаях гласный не пропадает. Правильно: зооолимпиада.

Правила русской орфографии оговаривают только, что в слитно пишущихся словах не пишется больше двух одинаковых согласных подряд, хотя бы это и требовалось составом слова. Так возникают написания типа рассориться (рас+ссориться), колонный (от колонна: колонн+ный). Сочетание в слитно пишущих словах трех одинаковых гласных не нарушает норм русского письма.

Слово пятибалльный пишется по правилу: на стыке основы, оканчивающейся на две одинаковые согласные, и суффикса, а также на стыке корней в сложных, но не сложносокращенных словах написание двойной согласной сохраняется. Из правила есть исключения, к ним относятся кристальный и антенка. Слово антенка входит в целую группу слов, в которой сочетание нн не сохраняется перед суффиксом к, например: манка (манная), колонка (колонна), трехтонка (тонна), оборонка (оборонный), выделенка (выделенный). Есть и другие суффиксы, перед которыми происходит упрощение сочетания нн. Полное правило см. в информационно-поисковой системе «Орфографическое комментирование русского словаря».

В «Русском орфографическом словаре» не зафиксированы формы колоновидный и колонновидный. Если прилагательное образуется от слова колонна со значением 'имеющий вид колонны', то по правилу его нужно писать с двумя н (ср. колонновожатый, колоннообразный, колонночка). Правило см. здесь. Слово колоновидный может образоваться от латинского kolon 'прямая кишка' (ср.: колоноскопия, колонотерапия). По нашим наблюдениям, о деревьях, стволах, сортах чаще пишут, используя форму колонновидные. Написание с одним н в этом же контексте может возникать под влиянием производных от слова колонна, в которых происходит усечение одного н: колонка, колончатый.

Это сочетание пишется строчными: пятая колонна, в постановке кавычек нет необходимости.

Кавычки не нужны.

Пятая колонна – публ. неодобр. тайные агенты врага – шпионы, диверсанты; предатели, изменники. Выражение родилось в годы войны в Испании (1936–1939) и принадлежит генералу франкистской армии Эмилию Мола. Во время наступления на Мадрид осенью 1938 года он по радио сообщил защищавшим город республиканцам, что кроме четырех армейских колонн располагает в Мадриде еще и пятой колонной. Так он назвал сеть тайных агентов, шпионов, а также сочувствующих франкистам предателей, которые действовали в городе.