1. Прилагательное частнонаучные (методы) пишется слитно, так как образовано от основ слов, отношение между которыми носит подчинительный характер (частные науки). 

2. Сложные слова с первой иноязычной (интернациональной) частью, кончающейся на гласную, пишутся слитно. При этом в слове может быть несколько таких частей: автомотовелогонки, астроспектрофотометрия, палеофитогеографический, космогеобиопсихосоциальная (природа человека).

3. Это сочетания наречия (отвечающего на вопрос как?) и причастия, поэтому корректно раздельное написание: дисциплинарно организованные и междисциплинарно организованные системы.

1. Запятая в указанной позиции не нужна, так как пояснительная конструкция, отделенная с помощью тире, входит в причастный оборот с главным словом связанная. Отметим, однако, что два тире, поставленные на разных основаниях, в одном предложении крайне нежелательны, поэтому лучше разбить его на два: Переход к информационной цивилизации — одна из тенденций в развитии современного мира. Она тесно связана с другой отчетливо проявляющейся тенденцией — его глобализацией. Обратим также внимание на постановку запятой между определениями другой и отчетливо проявляющейся: а) другой может относиться к сочетанию отчетливо проявляющейся тенденцией (в этом случае предполагается, что и первая тенденция, переход к информационной цивилизации, тоже отчетливо проявляется), и тогда запятая не требуется; б) определение отчетливо проявляющейся может быть уточняющим по отношению к определению другой (в этом случае предполагается, что первая тенденция, переход к информационной цивилизации, в отличие от этой другой, проявляется неотчетливо), и тогда запятая требуется.

2. Запятая не ставится потому, что в приведенном контексте как = «в качестве».

В таком случае нужно использовать многоточие. Вопросительный знак при этом вполне возможно опустить, чтобы показать незаконченность высказывания; вопросительное слово почему в начале предложения само по себе указывает на вопрос:
— А почему тут написано, что ты ино...
— Тихо!