Корректно: «Навигатор» позволяет выбирать на DVD фрагменты для воспроизведения, такие как, например, эпизоды, закладки или клипы. Для второго примера возможны варианты: Он дублирует некоторые функции, имеющиеся на "Пульте" (например, движок регулятора громкости), и, таким образом, Вы можете легко изменять настройки (таким образом выделяем как вводное) и Он дублирует некоторые функции, имеющиеся на "Пульте" (например, движок регулятора громкости), и таким образом Вы можете легко изменять настройки (таким образом в значении «таким способом»).

Да, предпочтителен вариант DVD/audio-системы. Дефис употребляется в составе письменных эквивалентов сложных слов, часть которых передается цифрой, буквой или буквами (в том числе нерусского алфавита).

Здесь два разных вопроса: о правописании и о лексической (содержательной) правильности. Конечно, сочетания со словом "диск" избыточны, если вдуматься в расшифровку аббревиатур CD и DVD. Но с другой стороны, эти аббревиатуры могут обозначать не только диск-носитель, но и формат записи данных, а также считывающее устройство. Поэтому логично внести дополнения: DVD-диск, DVD-привод и т. д.