В предложении Он сказал, что арбуз — это ягода тире тоже совершенно необходимо. Тире ставится по тому же правилу, что и в простом предложении.

Корректно без запятой: Ботанически помидор — это ягода. Наречия типа ботанически синонимичны сочетаниям типа с ботанической точки зрения (с точки зрения ботаники). Такие сочетания являются обстоятельствами и не обособляются.

Слово брусничина существует, но считается разговорным. Стилистически нейтральный вариант: одна ягода брусники.

В рукописи курсив можно заменить подчеркиванием. 

Такое написание объясняется историей слова. Земляника – производное от земляная (ягода): растение получило название по ягодам, которые нередко почти лежат на земле. В прилагательном земляной пишется суффикс -ян-.

1. Вы правы, задание некорректно составлено.  Слово осень можно разделить на слоги так, что первый слог будет состоять из одной буквы.

2. Это также ошибка. Двух гласных в слоге быть не должно. Обо всем этом можно прочитать в обычном школьном учебнике, и на учебник же сослаться.

Орфографически правильно написание полу винная ягода, полувиноград.

Визуальное различие - размер (голубика крупнее).

ЧЕРНИКА,
-и; ж.
Мелкий ягодный дикорастущий кустарничек сем. брусничных с мелкими тёмно-синими съедобными ягодами; ягода такого кустика черники. [] собир. Кисель из черники. Пирог с черникой. Ч. созрела. Сухая ч. Пойти в лес за черникой. < Черничный, -ая, -ое. Ч. куст. Ч. кисель, пирог.

ГОЛУБИКА, -и; ж.
Северный болотный кустарничек сем. брусничных со съедобными сизо-голубыми ягодами кисловатого вкуса; ягоды такого растения.

Такое словоупотребление корректно.

Следует писать с твердым знаком: суперъягода.