Как ни странно, ни одного вопроса на эту тему мы от Вас до сих пор не получали. В словаре В. В. Лопатина, И. В. Нечаевой, Л. К. Чельцовой "Прописная или строчная?" зафиксировано: "стрелка (узкий и длинный мыс, коса), напр. Арбатская стрелка (в Крыму), стрелка Васильевского острова (в Санкт-Петербурге)". Корректно: архитектурный ансамбль стрелки Васильевского острова. Иначе говоря, стрелкой называют именно географическую точку, на которой расположен архитектурный ансамбль, а не сам ансамбль. 

В полном официальном названии первое слово нужно написать с прописной буквы: Институт медиа, архитектуры и дизайна «Стрелка», Научно-технологический университет «Сириус». В сочетаниях второго типа первое слово воспринимается как родовое, а не как часть названия, поэтому корректно: институт «Стрелка», университет «Сириус».

Часовая стрелка — устойчивое сочетание для обозначения одной стрелки, указывающей часы, а не минуты. Поэтому в Вашем случае верно только: стрелки часов.