Если перед закрывающими кавычками стоит вопросительный или восклицательный знак, то после кавычек он не повторяется: Разве вы не говорили: «Это [присуще] апостолам, это [присуще] великим святым, ибо кто другой может сотворить это?» См. параграф 66.4 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя. 

В современном русском письме такие написания не приняты. Корректно писать просто город Москва. Обозначить в документе тождество развернутого и краткого наименования можно с помощью конструкции: город федерального значения, административный центр Центрального федерального округа и центр Московской ...Москва (далее — город Москва).

Противоречия нет. Пример Ты что, заболел? подпадает под следующее правило Д. Э. Розенталя: запятой отделяются слова что, а что, что же, обозначающие вопросы, за которыми следует предложение, раскрывающее их конкретный смысл (после них делается пауза). Ср.: Ты что же, не идёшь с нами? («что делаешь?», пауза после что же). 

Варианты Ты, что, заболел?  и Ты, что? заболел? представляются тоже возможными.