В приведенном Вами фрагменте два предложения. Их можно разбить на два абзаца, но можно и объединить.

Финские топонимы можно разделить на три группы в зависимости от того, какие морфологические признаки они приобретают в русской речи. В первую группу входят несклоняемые топонимы типа Хельсинки, Тампере, Лахти, Куопио. Вторую группу составляют склоняемые топонимы, близкие по внешнему облику русским существительным: Варкаус, Лаппенранта, Котка, Раума. В третьей группе объединим топонимы, употребляемые в вариантных формах и имеющие, как правило, финальные сочетания -ла и -ля. Часть таких топонимов давно русифицирована (в частности, наименования населенных пунктов в Карелии Сортавала, Хийтола, Рускеала, Хелюля), их склоняемые формы получили отражение в печатных источниках или даже кодифицированы в словарях, хотя примеры в прессе свидетельствуют о том, что эти топонимы часто употребляются в несклоняемом виде. Двувариантность сохраняется у топонимов с финальным -ля. Примечательно, что это подтверждают и словари: топоним Вяртсиля представлен как несклоняемое имя, но вместе с тем его известность в качестве пограничного пункта обеспечила ему в устной речи весь ряд падежных форм существительного женского рода. Очевидно, что исторические обстоятельства и распространенность оказываются решающими факторами, обусловливающими неприсоединение или присоединение финского топонима к падежному ряду русских существительных. Из этого следует и обратное: малоизвестное имя остается в неизмененном виде, что несомненно оправданно в случаях с иноязычным топонимом. Научная литература и периодика демонстрируют несклоняемость топонима Киттиля. Добавим: в источниках он воспроизводится и в другом графическом варианте: Киттила.

В данном случае союз либо разделительный и не требует постановки запятой. Однако семантика компонентов, которые он разделяет (точное указание времени, с одной стороны, и неопределенное — с другой), подразумевает неожиданное присоединение, а потому перед ним уместно поставить тире: Перезвоню через два часа — либо потом как-нибудь. (Сравним случай, где такого не наблюдается: Перезвоню через полчаса либо через час.)

По первому предложению: конечно, тире можно не ставить, ссылаясь именно на этот пункт правил. Но если вчитаться в него, то мы заметим, что в нем говорится о вводном слове, но не о вводной конструкции, которая здесь довольно сильно распространена. Тире предпочтительно оставить именно по этой причине: оно ясно сигнализирует о том, что оговорка завершена и сейчас последует сказуемое. В противном же случае различие можно воспринять как однородный член к рознь. Конечно, дочитав предложение до конца, читатель поймет, что это не так, но создавать ему такие дополнительные затруднения ни к чему.

По второму предложению: полагаем, что здесь сочетание запятой и тире является эквивалентом двоеточия. См. ПАС, § 130, прим. 1. Перед нами бессоюзное сложное предложение (каждая часть его представляет собой, в свою очередь, СПП), так что положение этого примечания здесь вполне применимо.

По третьему предложение: это тоже бессоюзное сложное предложение, тире ставится по п. 5 того же параграфа ПАСа.

К приведенным примерам указанное правило не применимо: в них нет однородных сказуемых при одном подлежащем, как нет и «независимых предложений». В первом случае союз и связывает две части, объединенные разговорной вопросительной частицей а если (эта частица приведена, в частности, в «Толковом словаре сочетаний, эквивалентниых слову» Р. П. Рогожниковой (М., 2003)) и, соответственно, общей вопросительной интонацией, что отменяет постановку знаков препинания (см. пункт 5 параграфа 112 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина): А если я израсходую их и что-то случится? Во втором случае мы имеем дело со сложноподчиненным предложением, в котором придаточная часть находится перед главной, что допускает постановку тире: Когда он вернётся — мне конец.