Для прописных букв нет оснований. Что касается кавычек — они указывают на употребление слова не в своем обычном значении. Из приведенных Вами слов каре и фаланга зафиксированы в словарях общелитературного языка в военном значении (а следовательно, здесь нет непривычного употребления и нет необходимости в кавычках), а черепаха такой фиксации не имеет (здесь кавычки могут быть уместны, если слово используется отдельно, не в ряду других названий боевых порядков). В общем ряду, где перечислены разные виды построения войск, нет необходимости заключать в кавычки те слова, у которых такое значение не вполне привычно: очевидно, что в ряду каре, фаланга, черепаха последнее слово называет не животное.

Поскольку сноска представляет собой часть предложения, после нее необходим знак конца предложения.

Увы, написание суффиксов существительных -ев-/-ив- (варево, жарево, крошево, кружево, курево, печево + обл. вязево, мелево, кладево, прядево, но месиво, сочиво, топливо + ударные чтиво, жниво), обозначающих совокупность предметов, продукт, вещество, возникающее в результате действия или являющееся объектом действия, названного мотивирующим глаголом, — это одно из немногих (а возможно, и единственное) орфографическое правило, которое, насколько нам известно, не поддается никаким убедительным объяснениям. В справочниках сообщают, что написание этих слов «следует запомнить». При этом ряд существительных подобного рода не замкнут, поскольку этот словообразовательный тип обнаруживает некоторую продуктивность в разговорной и художественной речи: «киносмотриво» (газ., пренебр.); Снег шел густо и ничего нельзя было увидеть в его мешеве (Лидин). Кроме того, в современном русском языке имеется еще и несколько слов на -иво/-ево, соотносительных не с глаголами, а с существительными: огниво, зарево.

Н. М. Шанский в книге «Лингвистические детективы» отмечал, что «в ряду орфографических вопросов, требующих своего разрешения, в будущем надо будет рассмотреть и вопрос о е – и в словах типа месиво, варево, зарево». Ученый предлагал такое объяснение этому исторически сложившемуся разнобою: «Дело в том, что на основе суффикса -в(о) в славянских языках еще в дописьменную эпоху сформировались как суффикс -ив(о), так и суффиксы -ов(о), -ев(о) (последний первоначально в качестве фонетического варианта суффикса -ов(о) после смягченных согласных основ на -j(о)). В отличие от суффикса -в(о), соотносительного с глагольными основами, эти вторичные суффиксы начали сцепляться с именными основами: огнь – огниво, логъ – логово, курь (ср. пол. kurz «пыль») – курево (ср.: Лето же тогда бысть сухо и курево дымное хождаше. «Софийский временник», 1533) и пр., а потом по аналогии стали переноситься даже в такие образования, которые были отглагольными производными с суффиксом -в(о). Последнее, возможно, происходило не без влияния отглагольных существительных на -ение (ср.: варево – вариво: укр. вариво, болг. вариво, др.-рус. вариво: Вариво безъ масла; кружево – др.-рус. круживо: Увиша и оксамитомъ со круживомъ, яко достоитъ царемъ; печево – печиво – см.: Даль В. Толковый словарь…; серб.-хорв. печиво и т. п.). Указанные случаи мены орфографического и на е, свидетельствующие о фактах словообразовательной контаминации, представляют собой как будто еще один аргумент в пользу написания такого рода слов с и».

Точка после знака сноски не нужна.

Абзацный отступ не нужен. Вы правы: окончание цитаты лучше оформить без многоточия.