Сочетание подведомственные Минобрнауки РФ обособлено потому, что это определительный оборот (прилагательное подведомственный с зависимыми словами Минобрнауки РФ), стоящий после определяемого слова вузы.

Запятая нужна, она закрывает определительный оборот.

По современным правилам запятая не нужна, определительный оборот, стоящий перед определяемым существительным, не отделяется запятой от определяемого слова: …лучи внезапного, ослепляющего, как будто насквозь пронизывающего света, который вдруг зажигает… Судя по всему, в издании книги Д. С. Мережковского «Л. Толстой и Достоевский», откуда взята цитата, сохранена пунктуация, характерная для текстов рубежа XIX и ХХ веков.

Да, постановка тире здесь соответствует правилам: оно отделяет определительный инфинитивный оборот с пояснительным значением, стоящий в конце предложения.

Да, это простое предложение, осложненное обособленным распространенным определением. Определительный оборот обособляется, так как относится к личному местоимению. Краткие прилагательные обычно выступают в роли сказуемого, но при обособлении они могут выполнять функцию определения. Краткие прилагательные не склоняются, поэтому о согласовании в падеже говорить в их отношении нельзя.