Падеж определения к существительному в сочетаниях с числительными два, три, четыре зависит от его позиции в словосочетании и от рода существительного. Если определение стоит перед сочетанием числительного с существительным (но не между этими словами), то оно употребляется в форме именительного падежа множественного числа: за последние три месяца (но: за три последних месяца). Варианты возможны в сочетаниях с прилагательными добрый, полный, целый (ждала целых два месяца — целые два месяца).

Прилагательное, стоящее между числительным и существительным мужского или среднего рода, выступает в форме родительного падежа множественного числа: два разбитых ящика, три двухэтажных здания. При именах существительных женского рода прилагательные-определения могут употребляться как в форме именительного-винительного, так и в форме родительного падежа множественного числа: три столовые ложки — две оригинальных статьи и т. п. Более употребительна первая форма.

Корректно: Серым выделены три квадрата, соответствующих числам 3, 4 и 5.

При помощи сопоставления падежных форм мы определяем вовсе не одушевленность предмета, а одушевленность слова. Деление существительных на одушевленные и неодушевленные — это характеристика не окружающего мира, а особенностей грамматического поведения слов. Одушевленные и неодушевленные существительные склоняются по-разному (имеют разные формы винительного падежа), именно это мы и определяем. На основании этого грамматического деления нельзя судить о том, принадлежит ли какой-то объект сфере живого или неживого с точки зрения биологии, поскольку разграничение этих сфер отражается в грамматике неточно и в разные периоды развития языка по-разному.

Не вполне корректно сформулирован вопрос. Не бывает «чего-то одушевленного» и «чего-то неодушевленного». Эта грамматическая категория принадлежит именам существительным, а не предметам или живым существам, которые ими обозначаются. Категория одушевленности имеет косвенную связь с понятиями живого/неживого, но это связь именно косвенная, не прямая, — уже хотя бы потому, что сложилась эта категория в глубокой древности, когда представления наших далеких предков о живом/неживом были в значительной степени отличными от представлений современного человека. В некоторых случаях одушевленность имени существительного вызывает у современного человека удивление (ср. классический пример: кукла). В некоторых случаях слова-синонимы противоположным образом относятся к одушевленности (снова классические примеры: покойник и труп). Примеры можно продолжать, тем более что в современном языке некоторые существительные колеблются по отношению к одушевленности/неодушевленности (ср. микроб).

Имя человека в любом случае представляет собой существительное одушевленное — независимо от того, именуют им реального человека, или выдуманного героя романа, или сам роман, или оперу. То, что оно служит названием оперы, не может превратить его в неодушевленное существительное.

Реципиент — одушевленное существительное. Одушевленность определяется совпадением форм В. п. и Р. п. во множественном числе (для существительных м. р. II склонения — и в единственном числе): (вижу) реципиента = (нет) реципиента. Формы совпадают, существительное одушевленное.

Достигать результата, достигать высот, достигать целей. Словари русского языка сообщают: глагол достигать управляет существительным в форме родительного падежа.

Согласование сказуемого с подлежащим, имеющим в своем составе собирательное существительное (большинство, ряд, часть и некоторые другие), зависит от разных факторов, основные из которых перечислены в «Справочнике по правописанию, произношению, литературному редактированию». Специальные исследования показывают, что именно для слова ряд в таком контексте очень значима одушевленность зависимого существительного; если оно одушевленное, то в реальных текстах преобладает форма множественного числа сказуемого: Ряд людей не считают, что..., но Ряд статей содержит неточности. При этом форма единственного числа (Ряд людей не считает, что...), безусловно, не ошибочна.

Вы правы. Между цифрами ставится тире без пробелов. От одушевленности/неодушевленности выбор знака не зависит. 

Категория одушевленности - это грамматическая категория. Однако одушевленность (как вариант склонения) определяется с учетом семантики (значения) слова. В случае со словами молодежь, детвора и студенчество отнесение их к числу одушевленных или неодушевленных лишено смысла (такое отнесение ни на что не влияет).

См.: Изучать микробов или микробы? Одушевленность существительных.

1, 3. См. «Письмовник», раздел «Какой падеж нужен при отрицании?».

2. Оба варианта верны. Слово микроб может употребляться и как одушевленное, и как неодушевленное существительное. Подробнее см. в «Письмовнике», раздел «Изучать микробов или микробы? Одушевленность существительных».