микроспоры, -спор, ед. -спора, -ы
Ответы справочной службы
Верно: мониторинг микрофлоры.
Запятая перед тире не нужна: что нарушение целостности кишечника – это следствие нарушения микрофлоры – придаточное предложение. Запятая ставится только перед ним.