Это зависит от выражаемого смысла и соответствующих интонационных различий.

1. Если смысл сводится к утверждению того, что некто не отсутствовал, а именно был (находился, присутствовал...) в известном месте, то интонационно выделяется глагол: Он БЫЛ здесь. Противоположным по смыслу к этому варианту будет предложение Он отсутствовал, Его здесь не было. В таком случае сказуемое простое глагольное — был. Здесь является в этом случае обстоятельством.
2. Если смысл сводится к информации о местонахождении кого-либо в известное время, то интонационно выделяется наречие: Он был ЗДЕСЬ. В настоящем времени это же предложение звучит как Он здесь. Отрицанием этого варианта будет предложение Он был не здесь (а за углом). Эту конструкцию использует, кстати, персонаж Н. Михалкова в фильме «Вокзал для двоих»: — Меня ищешь? А я вооон там! В этом случае сказуемое составное именное: был — формальная связка, здесь — именной компонент.