В упомянутом Вами разделе речь идет о так называемых колебаниях и вариантах, отличающих формообразование отдельных групп существительных. Вероятно, такие случаи предпочтительнее называть вариативными, а не спорными, хотя разные формы и оказываются предметом спора. Предпосылкой грамматического варьирования становится наличие в значении существительного признаков, характеризующих семантику разных форм. В речи, когда существительное употребляется в сочетании с конкретными словами, могут быть выражены или подчеркнуты только одни, но не другие смысловые признаки (например, признак ‘рыба’, но не ‘рыбное блюдо’). Вывод: обсуждаются сфера грамматического варьирования и признаки грамматических форм, предопределяющие варьирование; отмечаются тонкие смысловые нюансы высказываний, выраженные при помощи вариантных форм; в результате можно наблюдать смысловые и грамматические предпочтения говорящих, фиксировать изменения в функционировании именных форм.

Верно: кальмар дальневосточный.

Такие слова, как кальмары, крабы, креветки, мидии, омары, устрицы, согласно большинству справочников, могут употребляться как неодушевленные и одушевленные существительные, если речь идет о пище, но только как одушевленные, если речь идет о живых существах. Впрочем, в «Грамматическом словаре русского языка» А. А. Зализняка слова кальмар, краб, мидия, омар даны как одушевленные во всех значениях, поэтому лучше: Я приготовила кальмара. Подробные рекомендации см. в «Письмовнике».