Верно: ФеОдор.
Дядя Федор – это сочетание, которое можно воспринимать по-разному. Слово дядя имеет значение 'мужчина', поэтому в сочетании с именем собственным по отношению к ребенку оно может осмысляться целиком как имя персонажа. А в именах все слова пишутся с прописной буквы. Однако кажется возможным и другое понимание. Словом дядя шутливо называют сильного и рослого мужчину. Такое обращение вполне возможно и к мальчику. В этом случае написание дядя Федор правильно.
Указанные запятые не нужны.
При наличии двух мужских имен фамилия употребляется в форме множественного числа: Федор и Сергей Бондарчуки.
Эти имена имеют разное происхождение.
Следует использовать описательную конструкцию: отравлены химическими веществами.