Можно написать и так и так, ошибки не будет.
См. ответ на вопрос № 194749.
Форма мужского рода (управляющий) по отношению к женщине используется в тех случаях, когда в контексте на первое место выдвигается сообщение о должности безотносительно к полу лица (обычно в строгой официально-деловой речи). В обиходной письменной и тем более устной речи следует использовать форму женского рода. В тексте распоряжения, полагаем, будет уместна форма мужского рода.
Возможны оба варианта согласования - и в мужском, и в женском роде.
Верно: Благодарственное письмо машинисту общества с ограниченной ответственностью «Управляющая компания "Ромашка"».
Предпочтительно: управляющая.
Предпочтительно: управляющая филиалом.
Форма мужского рода (управляющий) по отношению к женщине используется в тех случаях, когда в контексте на первое место выдвигается сообщение о должности безотносительно к полу лица (обычно в строгой официально-деловой речи). В обиходной письменной и тем более устной речи следует использовать форму женского рода.
Корректно: управляющая, исполняющая обязанности. Но: назначить управляющим (исполняющим обязанности) Петрову.
Оснований для постановки запятых нет. Пунктуация в предложении верна.