Если Вы можете заменить слово глаголом, то это слово, как правило, причастие: ссылки на упомянутые сайты продублированы ниже (=кто-то продублировал ниже).
Если определение (обычно обособленное) стоит после счетного оборота, то чаще оно ставится в форме именительного падежа множественного числа. Таким образом, предпочтительно: три файла, упомянутые...
Для постановки этой запятой нет оснований.
В «Русском орфографическом словаре» РАН слово вади зафиксировано как несклоняемое существительное pluralia tantum (употребляющееся только в формах множественного числа). Правильно: Песчаный холм переходит в упомянутые вади, которые делят некрополь пополам.
Двоеточия и тире расставлены в целом корректно. Правда, в бессоюзном сложном предложении под номером 4 более уместно двоеточие, поскольку между его частями отношения логического обоснования, но тире допускается правилами в качестве замены двоеточия.
