Не всегда оправданны прямолинейные сопоставления в сфере глагольного словообразования. В судьбе лингвистического термина одушевленные существительные есть важная ступень — семантическое преобразование (метонимия), в основе которого лежит представление об именах, означающих одушевленные существа, и словосочетания имена одушевленных существ, имена предметов одушевленных. История категории одушевленности изначально связана с именами людей, активных, действующих лиц, затем падежные формы имен лиц распространились на названия животных, а также на другие группы существительных, обозначающих живые существа. В XIX веке лингвист Ф. И. Буслаев писал о русских существительных мужского рода: «...винительный имен одушевленных сходен с родительным».

Если слово клон используется для обозначения живого существа, то очевидно, что предполагается и соответствующее склонение: создал клона.

Очевидно, здесь прилагательное глубокий имеет значение 'затрагивающий сущность, существо чего-л.' (см. значение 5 в «Большом толковом словаре» на нашем портале), а системный — 'основанный на системе, опирающийся на систему' (см. значение 2 в том же словаре). Действительно, эти прилагательные могут быть контекстными синонимами (познание сущности, существа чего-либо может означать познание системы), а следовательно — отделяться друг от друга запятой. Окончательное решение о смысле своих слов принимает автор текста.

В этом случае оборот с союзом как тесно связан со сказуемым, запятая не ставится.

Для подобных предложений правила не менялись. Корректно:

— Привет! — в восторге поворачиваюсь к моим, из класса. — Это мой друг!

Ср.: «Ты не можешь понять, — шепчу, отозвав Руслана в соседнюю комнату и затворив дверь, — потому, что мы разные существа».

Верно: существа обитают на рифе.

Вообще говоря, слово фуга в русском языке есть, это существительное первого склонения, верно: десять фуг.

А если в названии воображаемого существа ударение падает на последний слог, то теоретически оно может и не склоняться.

В этом сочетании избыточности нет. См. толкование слова в «Большом толковом словаре русского языка» под ред. С. А. Кузнецова. Г. Н. Скляревская в словаре «Лексика современного русского православия»  (СПб, 2016) пишет об ангелах так: 

«Третий чин третьего лика Небесной иерархии; духовные (бесплотные) существа, наделенные волей и разумом, вестники Бога, через которых Бог возвещает людям Свою волю. 

Ангелы были сотворены прежде человека и славословили Бога еще при сотворении видимого мира. Помимо Божиих Ангелов, существуют злые, отпавшие от Бога (в русской православной традиции написание «аггел»). См. также Аггел. Небесная иерархия. Падшие ангелы».

Верно: зло всё перекосилось.

Частица о, стоящая перед обращением, не отделяется от него никакими знаками препинания, поэтому перед словом боги правильно не ставить запятую. После слова боги запятая тоже не нужна, т. к. обращение здесь не заканчивается. Обращение здесь – слова боги мирные полей, дубров и гор, после которых и стоит запятая.

Бог пишется с большой буквы как название единого верховного существа в монотеистических религиях. В формах множественного числа, в значении одного из множества божеств, а также в переносном значении правильно только с маленькой буквы: боги Олимпа, бог Аполлон, бог войны.