Этот раздел справочника составлен не на основе "использованной литературы" (но, конечно, с учетом имеющегося лексикографического опыта).
Запятая не ставится.
Корректно: Маленькая, плотная положительно заряженная структура в центре атома.
После слова сознание следует поставить запятую. Сочетание исследования процессов освящения власти не вполне понятно.
Запятая не требуется, так как сложносочиненное предложение составлено из двух вопросительных, которые соединены союзом и.
Вот выдержка из "Справочника русской орфографии и пунктуации" под ред. В. В. Лопатина.
Вопросительно-восклицательные слова (частицы или их сочетания) что, что ли, ну как, что же, как же, ну, а, да ну, надо же выделяются запятыми внутри предложения или отделяются запятой, если стоят в начале предложения: — Сыночек, что, шибко он его зашиб-то? (Шукш.); — Что, хороша? — громко крикнула охрипшим голосом Маргарита Николаевна (Булг.); — Ну что ж, входите, раз звонили! — сказала девица (Булг.); Ну как, решил задачу?
А в справочнике Д. Э. Розенталя говорится следующее.
Слова что, а что, что же, обозначающие вопросы, и слова как, как же, что же, выражающие удивление, подтверждение, согласие и т. п., за которыми следует предложение, раскрывающее их конкретный смысл (после них делается пауза), отделяются запятой...
Ты что же, не идешь с нами?
По структуре это простое предложение.
Верно: не формирует самостоятельных высказываний.
В каком значении, контексте?
Лучше перестроить предложение: сначала перечислить факторы, потом задать вопрос.
Правильно: ...в документе... утвержденном...
