Это неудачный оборот речи.
Формально можно считать это слово подлежащим.
В официальных документах правильно: Генеральный прокурор Российской Федерации.
Названия высших государственных должностей и тутулов пишутся с прописной буквы только в официальных текстах.
Пунктуация верна. Однако в третьем предложении, на наш взгляд, более подходящим знаком является тире. Однородные компоненты объявляет арестанта преступником и выносит смертный приговор по смыслу подчинены сочетанию идёт против своей совести, они показывают, что именно совершает прокуратор против совести. Эту смысловую подчиненность, пояснительный характер компонентов можно показать знаком тире.
Запятая не ставится.