По первому предложению: конечно, тире можно не ставить, ссылаясь именно на этот пункт правил. Но если вчитаться в него, то мы заметим, что в нем говорится о вводном слове, но не о вводной конструкции, которая здесь довольно сильно распространена. Тире предпочтительно оставить именно по этой причине: оно ясно сигнализирует о том, что оговорка завершена и сейчас последует сказуемое. В противном же случае различие можно воспринять как однородный член к рознь. Конечно, дочитав предложение до конца, читатель поймет, что это не так, но создавать ему такие дополнительные затруднения ни к чему.

По второму предложению: полагаем, что здесь сочетание запятой и тире является эквивалентом двоеточия. См. ПАС, § 130, прим. 1. Перед нами бессоюзное сложное предложение (каждая часть его представляет собой, в свою очередь, СПП), так что положение этого примечания здесь вполне применимо.

По третьему предложение: это тоже бессоюзное сложное предложение, тире ставится по п. 5 того же параграфа ПАСа.

Полагаем, двоеточие уместно. О заголовке подобной структуры см. ответ на вопрос 318262.

Полагаем, что по особому покрою является не зависимым словом, относящимся к причастию, а несогласованным определением к существительному халат: халат (какой?) сшитый по особому покрою и стеганый. 

Полагаем, предложенный Вами вариант корректен.

Полагаем, что следует согласиться с фиксацией этого названия в местных источниках: Заозёрск.   

В этом сочетании терминологического характера после определяемого слова стоят два определения — согласованное (биопсийный) и несогласованное (многоразового использования). Справочниками регламентировано лишь отсутствие запятой между согласованными определениями в случаях типа груша зимняя позднеспелая, трубы тонкостенные электросварные нержавеющие, брюки серые суконные, однако полагаем, что правило можно распространить и на терминологические сочетания, включающие несогласованные определения: пистолет биопсийный многоразового использования.

Полагаем, что действует то же правило, то есть следует писать прописное С: ...Стою близ моря на скале; / Стою, задумчивость питая.

Что касается выбора варианта, вопрос не очень понятен, так как надо  представлять себе, что это за учебное пособие, как оформлены другие материалы. Мы бы, наверное, выбрали такой вариант: «Я здесь стою близ моря на скале; / Стою, задумчивость питая». Особые правила цитирования стихотворных текстов нам неизвестны (кроме того, что эти тексты можно набирать в подбор, показывая разбиение на строки косой чертой). Точность цитат одинакова для всех изданий (если только это не намеренное искажение текста или автор не хочет подчеркнуть, что он или его персонаж вспоминает цитату: «Что-то там, тати-тата…»). Единственное, что в обучающих изданиях, где цитат очень много, они, полагаем, не всегда нуждаются во внутритекстовых или постраничных ссылках на источник, но библиографический список в конце нужен, хотя бы потому, что, прочитав цитату, скажем, из Пушкина, читатель может удивиться, не найдя приведенные строки в своем издании, поскольку текст цитировался по другому собранию сочинений.

Полагаем, что вполне возможно использовать и другие способы оформления перечней. 

Полагаем, что выбор последовательности определяется задачами текста. 

Пунктуация в подобного рода номенклатурных наименованиях, включающих согласованные и несогласованные  определения (комбинированная и с принадлежностями для котла), не кодифицирована справочниками. Полагаем, к ним можно применить правило о пунктуации в терминологических сочетаниях с согласованными определениями типа трубы тонкостенные электросварные нержавеющие, астра ранняя махровая и не ставить в них знаки препинания.