Корректно: организовывать их обучение по специальностям (каким?), совпадающим с деятельностью ФНЦ.
Смысловые акценты предложений различаются. В первом случае упоминаются потерявшие актуальность заказы (по-видимому, оценивается актуальность с точки зрения заказчика; предпочтительный вариант, на наш взгляд), а во втором — заказы, сами потерявшие актуальность (здесь — без комментариев).
Для постановки запятой перед тире нет оснований.
Морфемный состав этого слова: орган-из-ов-ыва-ть; -из- и -ов- – суффиксы.
К сожалению, на Ваш вопрос невозможно ответить в рамках справочного жанра.
Организовать – глагол совершенного и несовершенного вида (в прошедшем времени – только совершенного вида). Организовывать – глагол несовершенного вида. Ср. в прошедшем времени: менеджер организовал встречу (действие доведено до конца) – менеджер организовывал встречу (неясно, доведено ли действие до конца).
В настоящем времени возможны оба варианта: организовывает и организует. Предпочтительно все же: организует, т. к. некоторые справочники рекомендуют использовать основу глагола организовывать для передачи процессуальности только в формах прошедшего времени.