Правильно: Где мы будем организовывать вечеринку? Где мы организуем вечеринку? Предложение *Где мы будем организовать вечеринку? ошибочно.

Глагол организовать необычный. В форме инфинитива и в формах прошедшего времени он выступает как глагол совершенного вида: Мы хотим организовать (что сделать?) вечеринку. Мы организовали (что сделали?) вечеринку. (Поэтому невозможно *мы будем организовать, так как в сложном будущем времени инфинитив должен быть несовершенного вида.) Но в формах организую, организуешь, организует, организуем, организуете, организуют глагол выступает как двувидовой, то есть может быть и совершенного, и несовершенного вида: Каждый год мы организуем (что делаем?) отличную вечеринку в октябре. А что, если завтра мы организуем (что сделаем?) вечеринку?

Корректно: организовывать их обучение по специальностям (каким?), совпадающим с деятельностью ФНЦ. 

Смысловые акценты предложений различаются. В первом случае упоминаются потерявшие актуальность заказы (по-видимому, оценивается актуальность с точки зрения заказчика; предпочтительный вариант, на наш взгляд), а во втором — заказы, сами потерявшие актуальность (здесь — без комментариев).

Для постановки запятой перед тире нет оснований.

Морфемный состав этого слова: орган-из-ов-ыва-ть; -из- и -ов- – суффиксы.

К сожалению, на Ваш вопрос невозможно ответить в рамках справочного жанра.

Организовать – глагол совершенного и несовершенного вида (в прошедшем времени – только совершенного вида). Организовывать – глагол несовершенного вида. Ср. в прошедшем времени: менеджер организовал встречу (действие доведено до конца) – менеджер организовывал встречу (неясно, доведено ли действие до конца).

В настоящем времени возможны оба варианта: организовывает и организует. Предпочтительно все же: организует, т. к. некоторые справочники рекомендуют использовать основу глагола организовывать для передачи процессуальности только в формах прошедшего времени.