Запятая нужна.
Корректно раздельное написание: Утес, не покорный стихии.
Запятая нужна.
Для постановки тире нет оснований, тире нужно убрать.
Запятые не нужны.
Эти слова не нужно выделять запятыми.
В морфемных словарях в слове смирный выделяется корень -мир-, приставка с- и суффикс -н-. См., например «Словарь морфем русского языка» А. И. Кузнецовой и Т. Е. Ефремовой. Основой собственно морфемного анализа является стремление выявить структуру слова путем вычленения узнаваемых морфем.
В словообразовательных словарях, созданных на основе концепции А. Н. Тихонова, граница между приставкой и корнем в слове смирный считается утраченной, так как в современном русском языке толкование этого слова (‘спокойный, тихий, покорный’) не связано напрямую с корнем -мир-, а производящее слово смир (‘мир, покой’) утрачено. Поэтому в словарях, описывающих словообразовательные связи в современном русском языке, это слово считается непроизводным с корнем смирн-.
Действительно, фраза небезупречна. Лучше ее переформулировать.
Ваш вариант пунктуации возможен. Обратите внимание: современной норме соответствует дефисное написание слова естественно-научный.