Современная норма: два родных брата. В поэтической речи допустимо отклонение от нормы.

Это сложные предложения с прямым вопросом, в них кавычки не нужны: 

Разумеется, возникает вполне логичный вопрос: почему именно в последние 10–15 лет так много говорится о медицинской практике, основанной на принципах доказательности, почему сегодня это направление одно из самых перспективных в медицине?

Когда между группой случаев в контрольной группе установлено различие по частоте встречаемости фактора риска, необходимо задать вопрос: действительно ли уровень встречаемости фактора, наблюдаемый в контрольной группе, ожидаемый среди всего населения? Или вопрос можно задать по-другому: могут ли представители данной контрольной группы иметь к изучаемому фактору необычно высокий или низкий уровень подверженности, существенно отличающийся от всего населения, в отношении которого проводится исследование?

О таких предложениях писал Д. Э. Розенталь: «Двоеточие ставится перед прямым вопросом, включенным в состав бессоюзного сложного предложения: Спрашивается теперь: что же делало наше общество в последние 20–30 лет? (Доброл.); Одного только я не понимаю: как она могла тебя укусить? (Ч.); До сих пор удивительным и неразгаданным остается: кто же в эту роковую ночь дивизионную школу снял с караула? (Фурм.); Я прошел к калитке по мокрой траве, испытывая тревогу: кто же рассмотрит первый трактор в таком непроглядном тумане? (Перв.)».

Запятые не нужны. 

Если в тексте используется слово во-первых, то слово во-вторых (или его синоним) необходимо. Если такого "продолжения" нет, то слово во-первых следует заменить на другой оборот.

По основным правилам тире в этих предложениях не требуются. Однако тире могут ставиться перед членами предложения для их подчеркивания, акцентирования (в стилистических целях).

В первом предложении два однородных сказуемых: подобны и выглядят необычно.

Огневица – не только болезнь. В словаре Даля зафиксировано и такое значение слова огневица: «Огневица, или огнивица, огнивница, огнивенка, сумочка на поясе, или жестяная коробка в доме, где держат кремень, огниво и трут; у крестьян это обычно жженое тряпье, в которое прямо сыплют искру с огнива; зажегши серничек, гасят трут, придавив его крышкою».

Запятая на месте цифры 4 не ставится. Вот правило: деепричастный оборот не обособляется, если деепричастие имеет в качестве зависимого слова союзное слово который в составе определительной придаточной части сложноподчиненного предложения (такое деепричастие от придаточной части запятой не отделяется; запятая ставится только перед деепричастием).

Интересный вопрос. Видимо, зараза здесь в более общем значении 'то, что разит кого-либо' (ср.: любовь сразила); 'то, что передается от человека к человеку'. В словаре Даля отмечено диалектное заразиться 'влюбиться'.