Правильно: Общество с ограниченной ответственностью «Научно-производственная фирма "Тюльпан"» готово изготовить продукцию... Согласование по слову общество.
Корректно: Общество с ограниченной ответственностью «Научно-производственная лаборатория "Протон"» заключило договор.