Во всех значениях это существительное женского рода.
В данном случае необходимо использовать предлог «с», поскольку Мальта - это островное государство, и, выезжая с него, мы покидаем его территорию. Если же речь идет о выезде из города Мальта, то в этом случае используется предлог «из».
Правильно: на Мальте, но в Великобритании, так как Мальта — это островное государство, а Великобритания — страна, состоящая из нескольких частей.