Вы правы: согласно словарям, у прилагательного корневой нет значения 'основной, главный'. В этом случае следует использовать прилагательное коренной: коренная проблема.
По основному правилу тире между подлежащим и сказуемым нужно. Оно может не ставиться, если логическое ударение падает на сказуемое (коренная ленинградка).
Написание без кавычек правильно: монастырь Коренная пустынь.
Знаки препинания в обоих предложениях стоят верно.