Нет, эти предложения не синонимичны. В первом говорится о том, что некие лица не получили ответ, а во втором — ответ не прибыл в некую точку.
Предпочтительно не склонять: в городе-государстве Вавилон, в полисе Спарта. Географические названия, включая городские и административные, как правило, склоняются, если они являются славянскими или давно освоенными именами в русском языке. Но в случае городов-государств и названий греческих полисов предпочтительно не склонять по аналогии с другими названиями территориальных единиц, приведенных в «Словаре географических названий» А. В. Суперанской (2013).
В этом случае уместно написание со строчной.
Это подлежащее.
Корректно: оказались клинически незначимыми.
Корректно со строчной: Получен патент РФ на изобретение.
Запятая не нужна. По правилам запятая не ставится, если деепричастие в составе определительной придаточной части имеет в качестве зависимого слова союзное слово который.
