В конструкциях типа О, О или О запятая может соответствовать логическому или. Ср., например: Особенно если ты великий композитор, физик-теоретик, лодочник или конюх (Д. В. Драгунский). Обычно характер сочинительных отношений между однородными членами проясняется в контексте. В случае необходимости следует использовать дополнительные средства выражения того или иного смысла, например повторяющиеся разделительные союзы или… или.
Однозначных рекомендаций на этот счет в справочной литературе не содержится, а в практике письма наблюдается разнобой. По-видимому, окончательное решение следует оставить за автором или редактором текста. Принимая решение, нужно учитывать, насколько удобен будет для читателя тот или иной формат выделения, не перегружен ли текст в целом кавычками и т. д. Скорее всего, в большинстве случаев написание в кавычках будет уместным, особенно если это текст справочного характера: «5» ставится, если...; оценка «5» ставится, если... В художественном тексте, возможно, стоит предпочесть словесный вариант.
Приложения начальник отдела и физорг неоднородные (характеризуют человека с разных сторон), поэтому знаки препинания не требуются. При этом можно рассматривать сочетание физорг Алексей Степанович пояснением к сочетанию начальник отдела (особенно если основной темой текста является этот отдел) и поставить тире: За спортивный дух отвечает начальник отдела — физорг Алексей Степанович.
Да, такие слова, грамматически не связанные с членами предложения, нужно выделять запятыми.
В неофициальных текстах, в том числе в научных статьях, слово президент как название должности принято писать со строчной буквы, однако в последнее время, особенно в текстах юридической направленности, очевидна тенденция к использованию в сочетании Президент Российской Федерации прописной буквы. Это не ошибка, но лучше все-таки использовать строчную букву, особенно если в тексте упоминаются другие президенты.
Слово указ в неофициальных текстах пишется со строчной буквы.
В русском языке нет единого, чётко закреплённого правила для передачи всех названий азиатских блюд — встречаются и слитные, и дефисные, и раздельные написания. Это связано с особенностями транслитерации, традициями и устоявшимися вариантами. Обычно принято писать через дефис пад-тай и том-ям (хотя встречается и раздельное написание, но дефис считается более привычным). Слова гунбао и кунгпао чаще пишутся слитно, но иногда можно встретить и вариант с дефисом (гун-бао), особенно если пишущему хочется подчеркнуть составные части китайского слова. Слово фобо пишется слитно, что подтверждается словарями и справочными службами. В русском языке довольно гибкие правила передачи экзотических названий, они зависят от рекомендаций лингвистических справочников и словарей, степени освоенности слова в языке, структуры исходного слова, его фонетических особенностей (иногда дефис помогает избежать труднопроизносимых сочетаний). При принятии решения ориентируйтесь на словари и авторитетные источники. Если слово не зафиксировано в словарях и справочниках, предпочтительнее тот вариант, который чаще встречается в СМИ и литературе, а также тот, который облегчает чтение и произношение.
Ударение в названии города Кальяри предпочтительно ставить на первый слог. На новом сайте БРЭ статьи «Кальяри» пока нет, старая версия сайта действительно предлагает ударение на второй слог. Если существует разнобой в авторитетных источниках, предпочтение обычно отдается произносительной норме, установленной в языке-источнике, особенно если это касается не очень распространенных топонимов.
Это случай так называемой орфографической гиперкоррекции. Пишущие стремятся избежать ошибки, зная, что многие непонятные или странные короткие слова представляют собой аббревиатуры, и записывают любое такое слово заглавными буквами, особенно если есть подходящая ассоциация или аналогия. Например, так часто записывают название индийского штата Гоа (очевидно, по ассоциации с названиями типа ОАЭ), существительное каско (очевидно, по аналогии с ОСАГО) и т. д.
По некоторым данным, первое слово этого названия имеет значение не "суп", а "лапша". Лапша с мясом — суп фобо. Но так или иначе, тавтологии в языке случаются, бояться их не стоит, особенно если имеешь дело с редким языком (ведь перевод вряд ли будет известен большинству носителей). Написание еще не устоялось, поэтому возможно написание и слитное, и с дефисом. Прописные не нужны, это не имя собственное (ср. салат оливье).