В русских словах может произноситься и больше трех согласных подряд (напр., встрепенуться), но стечение согласных все же достаточно редкое явление. Группы согласных часто упрощаются. Это происходит и в слове отсутствие. Согласные [т] и [с] сливаются в один звук [ц].

В орфографии принят более этимологический подход к членению слова на морфемы, опирающийся на языковую интуицию. Носители языка часто чувствуют родство слов, отнесение которых к однокоренным с точки зрения современных смысловых, структурных, словообразовательных связей сомнительно. Слова, в которых членение слова на морфемы - дискуссионный вопрос, не должны служить материалом для проверки знаний в формате ОГЭ и ЕГЭ. Составители КИМ стремятся такие проблемные слова в реальных экзаменационных заданиях не давать.

В слове наказание вторую а можно проверить словом наказанный.

Верно: Я не даю своего добровольного согласия на участие... Для написания частицы ни нет оснований. Обратите внимание, что если дополнение при глаголе с отрицанием выражено отвлеченным существительным, то оно ставится в форме родительного падежа.

Запятая не нужна. Также не нужно обособление оборота быстрой монтажной фразой.

Сочетание и снова мальчик не является присоединительной конструкцией, потому что до перечисления кадров было сказано, что кадров три, и мальчик – третий ожидаемый кадр.

Во всех случаях правильно с не. 

Это не плеоназм. Беременными могут быть животные. См., например: Священны поэтому гнезда птиц, священны беременные самки; если охотнику досталась таковая ― он обязан «отпустить ее Артемиде» (Ф. Ф. Зелинский. Древнегреческая религия).

Да, тире уместно. Но и его отсутствие не было бы ошибкой.

Загреметь – начать греметь; прогреметь – греметь в течение какого-либо времени. Устоявшееся употребление: прогремят грозы.

Правильно: при помощи счётов.

В обоих предложениях запятые не требуются.