Недопустимо слитное или дефисное написание с приставкой или первой частью сложного слова, если вторая часть содержит пробел, т. е. представляет собой сочетание слов. В этих случаях слитные или дефисные написания, рекомендуемые основными правилами, должны заменяться раздельными. Например, следует писать: лже доктор наук, псевдо произведение искусства, теле круглый стол, мини стиральная машина; экс Советский Союз, псевдо Ван Тог, пол рабочего дня, пол столовой ложки, пол Московской области.

При этом в сочетаниях экс-сотрудник ЦРУ, экс-глава ФСИН вторая часть сложного слова представлена одним словом (сотрудник, глава), т. е. возможно самостоятельное употребление сочетаний экс-сотрудник, экс-глава. Таким образом, правило о замене дефиса пробелом не распространяется на эти слова.

Выбор буквы зависит от того, как функционируют эти организации, насколько можно о них говорить как о самостоятельных организациях или как о частях организаций. Дело в том, что названия частей и отделов учреждений, организаций, а также слова типа президиум, ученый совет, совет директоров, правление и др. пишутся строчными (совет директоров ОАО «РЖД»). Если организации, о названиях которых Вы спрашиваете, обладают всё же самостоятельностью, пусть и находясь в структуре СО РАН, СПР России (т. е. они ближе к официальным названиям общественных  организаций, чем к названиям частей учреждений), то корректно написание с прописной: Совет молодых ученых СО РАН, Совет молодых литераторов Союза писателей России.

Это слово продолжает осваиваться русским языком, в нормативных словарях русского языка оно пока не зафиксировано, а это значит, что «правильного» и «неправильного» написания нет. В письменной практике встречаются разные варианты.

Пока словарной фиксации нет, можно сделать такие наблюдения. В языке-источнике в этом слове одна l, поэтому нет оснований удваивать л и при передаче этого названия по-русски. Буква z в итальянских именах и названиях передается на русский язык как дз или ц (это устанавливается в словарном порядке). Этим правилам соответствовало бы написание горгондзола или горгонцола, но на практике преобладают варианты горгонзола и горгондзола.

Разное значение этих глаголов определяется разным значением приставок пре- и при-: пре- вносит в слово значение крайней степени проявления чего-либо, а при- — значение некоторой незначительной степени проявления чего-либо. Поэтому преуменьшить означает  "представить что-л. в меньших по сравнению с действительностью размерах", а приуменьшить — "немного уменьшить". На практике разграничить эти два написания может быть затруднительно, поэтому решение о написании е или и в приставке остается за автором текста. Сравнительно недавно существовала еще одна орфографическая пара такого типа: преумножить и приумножить. Однако несколько лет назад было принято единое написание с буквой и в приставке — приумножить. 

Вы правы, от имен, оканчивающихся на мягкие согласные, отчества образуются посредством присоединения суффиксов -евич, -евна; конечный мягкий знак при этом, как правило, опускается. Но от имени Эмиль образуется отчество Эмильевич. Такое написание отчества закреплено академическим «Русским орфографическим словарем» под ред. В. В. Лопатина и О. Е. Ивановой. Как в свое время объяснял В. В. Лопатин, наличие этого исключения связано с тем, что в нашей истории было два великих Эмильевича — Осип Мандельштам и Всеволод Мейерхольд. Их отчество пишется с мягким знаком, и именно в таком написании благодаря им оно закрепилось в нашей культуре и в нашем языке.

Фактически в русском языке имеются глаголы-варианты мучить (глагол второго спряжения) и мучать (глагол первого спряжения). Однако ради унификации орфографии (т. е. чтобы написание было единообразным) глагол мучать в некотором смысле приносят в жертву: признаются допустимыми только те его формы, которые отличаются фонетически от соответствующих форм глагола мучить, а именно — формы настоящего времени. Таким образом, предпочтительно (в строгой литературной речи): мучить, мучу, мучишь, мучит и допустимо мучаю, мучаешь, мучает (эти формы отличаются по звучанию от форм глагола мучить). А вот в прошедшем времени — только мучил; вариант мучал не допускается (т. к. по звучанию он почти не отличается от мучил).

Современная орфографическая норма — дубнинский. Однако в прошлом слово испытывало колебания в написании: бытовали варианты дубненский, дубнинский, дубенский. При этом вариант дубненский использовался чаще других. В начале 2000-х годов Совет депутатов Дубны обратился в Институт русского языка им. В. В. Виноградова с просьбой разъяснить ситуацию с орфографическими разночтениями и получил ответ, где было сказано, что выбор написания «должен решаться с учетом традиции и практики речевого употребления». На основании этой рекомендации депутаты постановили, что в официальных городских документах и названиях следует использовать традиционное написание дубненский. Поэтому в Дубне есть Дубненская городская больница, Дубненский городской суд, Дубненский машиностроительный завод и т. п.

Исторически в словах прекратить, прекращать выделяется приставка пре- и корень с чередованием полногласного (исконно русского) сочетания оро и неполногласного (старославянского) сочетания ра. В таких корнях написание определяется проверкой (кра́ткий) или указанием на однокоренное слово с полногласием (короткий). Подробнее об этом см. на ресурсе «Орфографическое комментирование русского словаря».

Но при разборе слова по составу не с исторической точки зрения, а с точки зрения современного русского языка нужно выделить в глаголах прекратить, прекращать корень прекрат-, прекращ-. В современном языке живые словообразовательные связи между прекратить и краткий потеряны, значение слова прекратить сейчас нельзя объяснить через значения этого корня и приставки пре-.

Артемий Лебедев абсолютно прав в том, что писать вы с большой буквы при обращении к нескольким лицам недопустимо. Написание Вы в названии магазина «Все для Вас» и в рекламных словах «...потому что Вы можете себе это позволить» – орфографическая ошибка.

Однако слова Артемия Андреевича «Вы всегда пишется с маленькой» излишне категоричны. Словари и справочные пособия по правописанию рекомендуют писать Вы для выражения вежливого обращения к одному лицу в текстах следующих жанров: а) личные письма; б) официальные документы, адресованные одному лицу (заявления, служебные записки и пр.); с прописной Вы также пишется в анкетах. Подробнее о рекомендациях словарей и справочников см. в «Письмовнике».