Предложение необходимо перестроить так, чтобы каждое существительное стояло в правильной форме. Ваш вариант (Разработка аппаратуры формирования системы передач эталонных сигналов частоты и времени, контроль над этой системой и управление ею...) с этой точки зрения корректен.

В идеале, если возможно, стоит избегать и нанизывания родительных падежей (аппаратуры формирования системы передач эталонных сигналов частоты и времени).

Рекомендаций в словарях и справочниках по этому вопросу нам найти не удалось. Но по практике употребления с большим отрывом лидирует предлог на, причем как с полными, так и с сокращенными названиями этих предприятий. Поэтому рекомендуем писать: на Усть-Илимском ЛПК.

Интересно, что, например, с сочетанием животноводческий комплекс (также в значении «предприятие») широко используются оба предлога.

Противоречия в материалах нет: в первом рекомендация дана для названий, написанных кириллицей, (они заключаются в кавычки), во втором – о названиях, написанных как кириллицей, так и латиницей (последние в кавычках не пишутся). Корректно: портал «Грамота.ру», но сайт Google, компания Google, платформа Moodle. 

В ближайшее время мы дополним первый материал сведениями о названиях на латинице. 

Не обособляются деепричастия, которые являются обстоятельствами образа действия, напр.: Поезд шёл не останавливаясь («безостановочно»); Она говорила об этом улыбаясь («говорила с улыбкой»). В Вашем предложении-заголовке деепричастие не обозначает образ действия, оно указывает пусть и на парадоксальное по смыслу, но все же действие: хотя я ухожу, но при этом остаюсь. Так что запятую нужно поставить. 

Сочетание словарные слова широко употребляется в школьной практике, оно зафиксировано, например, в «Школьном лингвистическом словаре» А. М. Лемова и некоторых других источниках. Так что ошибочным его считать не следует. Под словарными словами понимают слова, написание которых не подчиняется какому-либо орфографическому правилу, вследствие чего такие слова нужно запоминать или справляться об их правописании в орфографическом словаре.

Фриками (от англ. freak 'каприз, причуда, чудачество; человек со странностями') называют людей, стремящихся выглядеть необычно, ярко, вызывающе и отличающихся своеобразными взглядами на окружающий мир (см. подробнее в «Википедии»). Также фрик – составная часть некоторых сложных слов, например лингвофрик, – так в Сети стали называть фантазеров-любителей, распространяющих лженаучные идеи, связанные с историей языков, происхождением слов и т. п.

На практике все решается довольно просто: нормативность словоупотребления проверяется по нормативному толковому словарю русского языка. Например, Большой толковый словарь русского языка, опубликованный на нашем портале (и, кстати, созданный в Санкт-Петербурге), фиксирует оба слова: и бордюр, и поребрик. Причем без всяких диалектных или стилистических помет!

Так что единственная возможная рекомендация - почаще смотреть в словари.

Называть и соединительной гласной неверно (соединительный гласный передается на письме только буквами о и е). Корректно говорить так: вместо соединительных гласных о и е в некоторых сложных словах пишется и. Это слова с первой частью – числительным (десятилетка, семимесячный, тридцатитомный), а также слова с первой частью, совпадающей с формой повелительного наклонения глагола (сорвиголова, вертихвостка, перекати-поле).

Выражение расходы по операциям используется специалистами в финансовой сфере, то есть представляет собой речевой оборот из профессионального языка. Если речь идет об употреблении этого выражения вне профессиональной среды (в частности, в банковском приложении, предназначенном для широкого круга клиентов), то закономерно возникает вопрос о том, будет ли оно понято адресатами так, как это задумано авторами записи.