Слово город избыточно, лучше обойтись без него: в Москве и Казани (и так понятно, что это города). Если по каким-либо причинам без слова город обойтись нельзя, то корректно: в гг. Москве и Казани.
Если речь идёт о самостоятельном имени Ата, то оно склоняется как существительное первого склонения: Аты, Ате, Ату, Атой, об Ате.
Если же это компонент имени -ата, тогда он не изменяется: легенда о Коркыт-ата.
С прописной буквы пишется имя прилагательное на -ский, являющееся первым словом составного наименования — имени собственного, в том числе имеющего значение «имени того-то», «памяти того-то», напр.: Московская фортунатовская школа, Московско-тартуская семиотическая школа, Пражский лингвистический кружок.
В печатных источниках на русском языке регулярно встречается наименование Галле-Виттенбергский университет имени Мартина Лютера (основан в XIX веке). Еще один, типовой вариант для подобных названий — в виде составной конструкции: Университет имени Мартина Лютера, Галле-Виттенберг.
Названия должности и ученой степени не являются однородными приложениями, если стоят до имени собственного, например: директор завода д-р экон. наук Петров. Но в позиции после имени собственного они становятся однородными: Петров, директор завода, д-р экон. наук.
Общее правило таково: в названиях архитектурных и других памятников, предметов и произведений искусства с прописной буквы пишутся первое слово и собственные имена, например: Грановитая палата, Медный всадник, Колосс Родосский, Янтарная комната, Зимний дворец, Дворец дожей.
Однако начальное родовое наименование в подобных названиях архитектурных и др. памятников, произведений искусства пишется со строчной буквы. Правильно: собор Сан-Марко, мост Вздохов (в Венеции), мост Конфедерации (между Канадой и островом Принца Эдуарда). Аналогично следует писать и такие названия, как лестница Гигантов, лестница Рыцарей, зал Цветов, двор Девушек.
Обособление имени в общем случае не требуется. Оно возможно, только если автор хочет придать этому имени характер попутного замечания, то есть если для него важно, что это был герой «Преступления и наказания», а что это за герой — информация второстепенная.
Орфографически правильно такое оформление: обозначение организационно-правовой формы и далее в кавычках — название самой организации. Правильно: муниципальное бюджетное общеобразовательное учреждение «СОМШ № 44 имени Владимира Кудзоева», МБОУ «СОМШ № 44 имени Владимира Кудзоева», МБОУ «Лицей» и т. п.
Оба сочетания возможны.
Это правило справедливо только по отношению к некоторым типам переходных глаголов. К их числу относятся глаголы восприятия, мысли, желания, ожидания и некоторые другие: не слышать голосов, не чувствовать печали, не хотеть лучшей доли и т. п. Родительный и винительный падеж в таких конструкциях конкурируют, и сложившаяся непростая система норм и правил (в справочнике Д. Э. Розенталя по литературной правке описание этой проблемы занимает более трех страниц) отражает историю "борьбы" двух падежей. За более подробной информацией по данному вопросу можно обратиться к тексту "Русской грамматики".