Мы согласны с Вами: дублировать родовое слово в аббревиатуре (отдел, цех и т. д.) не нужно. Компромиссным решением может быть отказ от аббревиатур: начальник производственно-технического отдела (ПТО).

В этих событиях участвовала организация со старым названием, это старое название и должно фигурировать в письме. Но при этом нужно как-то предупредить читателя, что название было изменено.

Если вставные конструкции выделяются при помощи тире, их не нужно дополнительно выделять запятыми. При этом запятые могут ставиться по условиям контекста (на своих основаниях). Запятая предшествует тире.

Место ударения в фамилии определяет ее носитель, поэтому о правильном ударении нужно спрашивать у него. Или справиться в энциклопедии, если сведения о носителе фамилии в ней представлены.

1. Склонять нужно, несмотря на нерегламентированное написание знака & в названии.

2. Такое слово может быть образовано, однако в указанном контексте следует заменить его сочетанием правоохранительные органы.

Лучше так (с точки зрения пунктуации): Благодарность за многолетнее действенное и плодотворное сотрудничество. Со смысловой точки зрения слова действенное и плодотворное дублируют друг друга, что-то нужно убрать.

Если слово Эбола употреблено без родового слова, его нужно склонять: с Эболой шутки плохи. В сочетании с родовым словом не склоняется: о вирусе Эбола, симптомы лихорадки Эбола.

При передаче на письме разговорной речи, в текстах разговорного стиля это слово не нужно заключать в кавычки. Что касается более строгих жанров, то здесь решать автору текста.

В обоих случаях нужно убрать запятые: выделенные Вами слова не являются уточнением. Ср.: ...ждем покупателей 22 декабря, в понедельник... (здесь мы уточняем, что 22 декабря будет понедельником).

В официальных бумагах слово Институт нужно писать с большой буквы, если оно употреблено в качестве эквивалента полного названия. В остальных случаях слово институт пишется со строчной буквы.