Рекомендуется поставить запятую. В предложении описывается последовательность событий, а не их одновременное протекание, так что обстоятельство обычно понимается как относящееся только к первой части сложносочиненного предложения: Обычно студенты попадали в сложившийся коллектив, и им приходилось подчиниться правилам коллектива, в котором...

В современном русском языке правильно только (нет) сапог, форма сапогов не является нормативной.

Прежде сапоги, чулки, носки имели одинаковое окончание в форме родительного падежа мн. числа: сапогов, чулков, носков. Примеры из классической литературы подтверждают это: Так: на те десять рублей я износил сапогов в два года. Д. Фонвизин, Недоросль Лошадь походила на тех сказочных животных, которых рисуют дети на стенах и заборах; но старательно оттушёванные яблоки её масти и патроны на груди всадника, острые носки его сапогов и громадные усы не оставляли места сомнению: этот рисунок долженствовал изобразить Пантелея Еремеича верхом на Малек-Аделе. И. Тургенев, Конец Чертопханова. После такой операции он надел сапоги сверху мокрых чулков и долго ходил по двору. Н. Помяловский, Очерки бурсы.

Впоследствии сапоги и чулки довольно быстро избавились от окончания -ов, формы (нет) сапог, чулок стали основными. А вот носки по каким-то причинам «задержались», и наверняка многие помнят запоминалку, которую учили в школе: «чем короче, тем длиннее», она позволяла запомнить правильные формы: нет чулок, но нет носков; вариант нет носок признавался ошибочным.

И всё-таки слово носки стремится догнать убежавшие вперед слова чулки и сапоги и тоже избавиться от окончания -ов. Словарями последних лет вариант нет носок признается допустимым. Можно предположить, что со временем этот вариант станет основным. Но пока предпочтительно всё же: нет носков.

Корректно: Кашель как симптом заболеваний органов дыхания (бронхит, трахеит, пневмония), сопровождающихся образованием... бронхиального секрета.  

Ваши рассуждения верны. Заметим, правда, что пунктуационное оформление присоединительного оборота с сочетанием по крайней мере не зависит от того, сложное предложение или простое: Мы надеемся, что, по крайней мере в этот раз, всё будет иначе; Я не сдамся, по крайней мере в этот раз. 

Предложение Решение о назначении публичных слушаний должно приниматься не позднее чем за 30 дней до даты рассмотрения вопроса на публичных слушаниях построена корректно. Ее значение: от момента назначения публичных слушаний до их проведения должно пройти не менее 30 дней. Больше можно, меньше нельзя. Слова не позднее чем можно заменить на «самое позднее». Если бы нужно было выразить значение «должно пройти не более 30 дней», следовало бы написать решение... должно приниматься не ранее чем за 30 дней...

Определительный оборот, стоящий перед именем существительным, выделяется запятыми, если он осложнен обстоятельственным оттенком значения. В данном случае у причастного оборота есть дополнительное значение причины. Поэтому запятая перед Энакин нужна.

Нужна одна запятая: До этого чистили только Южное озеро, и то два года назад.

Обычно в конце подписи (к иллюстрации и пр.) точку не ставят.

Запятая нужна. Предложение сложносочиненное, состоит из двусоставных частей, оно не является ни вопросительным, ни восклицательным, в нем нет общих компонентов, которые отменяли бы запятую. 

Верно: вот чего я не могу.