Правилен первый вариант. 

Корректно: Если клиент не прервал звонок, но не возобновил разговор, то оператор может спросить: «Я могу еще чем-то помочь вам?»  — и, при молчании клиента, прервать звонок. Обратите внимание, что при передаче устной речи местоимение вы, даже обращенное к одному лицу, пишется со строчной буквы.

При отсутствии пояснительных союзов при пояснении и в самом деле предпочтительно тире, но в данном случае тире в предложении уже есть, а два тире, поставленные на разных основаниях, затрудняют понимание предложения, поэтому нужно поставить запятую: Чистое море, реликтовый лес, редкие растения и животные — это всё Приморский край, родина дальневосточных леопардов и уссурийских тигров.

Если позволяют условия контекста, можно вынести ряд форм именительного падежа, с которых начинается предложение, в отдельное высказывание — именительный темы: Чистое море, реликтовый лес, редкие растения и животные. Это всё Приморский край — родина дальневосточных леопардов и уссурийских тигров.

Слово однако в этом предложении вводное. Подробнее см. в «Справочнике по пунктуации».

Если слово оправданный в краткой форме употребляется с дополнением, то пишется одно Н. Если без дополнения, то два. См. в орфографическом словаре.

Определительный оборот, стоящий после определительных, указательных и притяжательных местоимений (в том числе после местоимения всё), обычно тесно примыкает к ним и запятой не отделяется. Но запятая всё-таки возможна: если определительный оборот имеет характер пояснения или уточнения, то он обособляется. Поэтому окончательное решение здесь – за автором текста. У А. П. Чехова запятая в этом предложении стоит.

Звук, обозначаемый буквой С в слове "шесть", мягкий (он смягчается из-за последующего мягкого звука ТЬ).

Словарной фиксации нет. Это недавнее заимствование, поэтому пока лучше сохранять две буквы ф. Если это слово закрепится в русском языке, то со временем, возможно, и «потеряет» одну ф (как это случилось со словами офис, трафик, офлайн и др.).

Слово муза в значении 'источник поэтического вдохновения' пишется со строчной буквы. См. словарную фиксацию. Однако оно может писаться с прописной буквы в контекстах, где ему приписывается особый высокий смысл. Именно поэтому Вы встречаете это слово в разном написании. 

Указанная запятая нужна. Она ставится между главной и придаточной частями сложного предложения.