Хороший вопрос. По общему правилу запятая не ставится, если придаточное предложение состоит из одного только союзного слова: Я в скором времени уезжаю, но я еще не решил куда. В приведенном Вами примере придаточное, усеченное до одного союзного слова, стоит после союза, но перед главным предложением. В этой ситуации лучше всего поставить тире. Ср. примеры из художественной  литературы: Гусев ей сказал, что уезжает далеко, но куда ― она не знала, спросить боялась. А. Толстой, Аэлита. Затем мы отправимся, но куда ― не скажу; во всяком случае, недалеко отсюда. А. Грин, Алые паруса. Искусство, конечно, развивается и шагает, может быть даже семимильными шагами, но куда ― не знаю. В. Некрасов, Взгляд и Нечто.

Приведенное Вами выражение чаще записывается в современной графике — с буквой и. Кавычки в нем возникают под влиянием специальных текстов (в частности, лингвистических), в которых буквы принято выделять курсивом (так, например, в наших ответах). Однако курсив в названиях букв, записанных словом (бэ, вэ, же, твердый знак, фита, ижица, э оборотное, и десятеричное, и восьмеричное, и краткое, и), как и кавычки, избыточен. Приведем другие примеры фразеологизмов с названиями букв: на ять, писать (выделывать) мыслете, от аза до ижицы, от альфы до омеги, от а до я. Если во фразеологизме необходимо заменить и на i, то кавычки тем более не нужны: иная графика (латиница или вышедшие из употребления буквы кириллицы) — достаточное средство выделения.

Наша общая рекомендация — не выделять букву во фразеологизме ни курсивом, ни кавычками (см. также фиксацию фразеологизма и других названий букв в базе орфографического академического ресурса «Академос»). Но мы не можем не отметить, что иногда от общих рекомендаций приходится отступать под влиянием всего текста, его оформления, расположения на странице. Такие решения принимает редактор.

Если речь идет именно о дереве, то уместно использование слова кофе как существительного среднего рода: кофе дало щедрый урожай. Хотя, конечно, такое использование слова не является широкоупотребительным; более того, это значение не отмечается толковыми словарями русского языка.

Можно без запятых, но в этом случае лучше перефразировать: устройство имеет корпус, по форме близкий к цилиндру.

Запятая перед как не требуется. Объяснение такое: здесь как используется в значении в качестве. Оборот с союзом как является частью сказуемого.

Вопрос понятен. Дело в том, что правила орфографии и рекомендации справочников в принципе не могут регламентировать столь детально вопросы передачи на письме особенностей устной речи (акцентов, дефектов речи, интонационных конструкций, протяженности звуков и т. д.). Для этого у графики слишком ограниченные функции. Но более широкие функции есть у фонетической записи письма (такой записью пользуются, например, диалектологи при изучении и фиксации особенностей устной речи). И если такая запись необходима для научных целей, она используется. В художественном тексте особенности произношения персонажей, как правило, передаются авторскими ремарками.

Мы можем привести аналогию с нотной записью музыки: исполнение музыкального произведения и его нотная запись - не вполне адекватные вещи.

Что касается вопроса о написании адресов, то, как правило, дефис не используется, литера пишется строчной буквой.

В сочетании а значит союз и вводное слово образуют единство. В таких случаях между союзом и вводным словом запятая не ставится, а после вводного слова ставится, то есть сочетание выделяется с обеих сторон запятыми (см. параграф 95 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина). Вместе с тем в практике письма, как Вы верно заметили, частотна постановка тире вместо запятой после этого сочетания. По наблюдениям исследователей, такое происходит не только с сочетанием а значит, но и с множеством других вводных конструкций. В этом случае постановку тире вместо запятой нет оснований считать ошибкой: никакие принципы русской пунктуации здесь не нарушаются. При этом постановка двух знаков сразу — и запятой, и тире — явно избыточна.

Нет, это не паронимы. Паронимы — это либо однокоренные слова, близкие по значению или частично совпадающие в своем значении (драматический — драматичный), либо разнокоренные слова, близкие по звучанию и вследствие этого смешиваемые в речи (экскаватор — эскалатор). Близкие по звучанию, но не одинаково звучащие, как компания и кампания. 

Мы согласны с Вами: дублировать родовое слово в аббревиатуре (отдел, цех и т. д.) не нужно. Компромиссным решением может быть отказ от аббревиатур: начальник производственно-технического отдела (ПТО).