В этом предложении две грамматические основы. Сочетание в них — это детерминант, распространяющий только вторую предикативную часть, в которой два однородных главных члена в форме ПГС. Подставлять ничего не надо, это обобщённо-личные предложения.

Корректно: Но сложно сказать, почему эпидемия закончилась, унеся всего лишь треть населения Европы, которая до этого была натуральным загнивающим Западом, заодно почистив популяцию, причём чёрного люда в первую очередь, так как его в целом было больше.  

В этом случае возможно двоякое толкование предложения. Здесь можно увидеть повторяющийся союз и, если автор хочет подчеркнуть  многосоставность действия: ...сделать выводы, а потом ещё и проверять, и применять на практике. Однако можно счесть, что глаголы проверять и применять на практике образуют тесно связанную по смыслу пару, обозначая единый этап в какой-либо программе действий; в этом случае второе и является одиночным союзом, а первое и — частью сочетания еще и, имеющего присоединительно-усилительное значение: ...сделать выводы, а потом ещё и проверять и применять на практике.

Нет, некорректно. 

Большой толковый словарь русского языка

ЕДИНОВРЕ́МЕННЫЙ, -ая, -ое; -менен, -менна, -менно. Происходящий или производимый один раз, сразу. Е-ое пособие. Е-ая выплата. Е-ые выборы. 

Корректно: Я не полезу туда, пока путь мне преграждает едва ли не  дюжина различных острых предметов.

Запятая перед союзом и не нужна, так как оба сказуемых относятся к одному и тому же подлежащему. А вот второе тире необходимо, чтобы выделить пояснительную конструкцию: При этом клуб также впервые в своей истории оформил так называемый «требл» — 3 трофея за сезон (АПЛ + КА + ЛЧ) — и стал второй английской командой в истории, которая сделала подобное достижение.

Написание в рамках одного текста, конечно, должно быть единообразным. Но выбор варианта в данном случае — за автором. В неофициальном тексте у автора есть возможность писать в соответствии с орфографическими нормами: Государственная дума, Комитет Государственной думы по... При этом и в неофициальном тексте использование официальной формы написания (Государственная Дума, Комитет Государственной Думы по...) не запрещается, оно допустимо, если отвечает намерениям автора и характеру написанного.

Запятая перед что необходима в обоих случаях: она разделяет главную и придаточную части сложноподчиненного предложения. В первом случае слово что является союзом, во втором — союзным словом. Поскольку на союзное слово, в отличие от союза, падает логическое ударение, это уместно обозначить в тексте шрифтовым выделением или надстрочным знаком, например: Я знаю, что́ говорю.

Для запятой нет оснований.

Вы ведете речь о смысловых, а точнее — логико-понятийных основаниях употребления сложных слов. Если такие основания считать «правилами», то можно их называть логико-понятийными.