В современном русском языке в этом слове выделяется корень провер-. Значение этого слова сейчас уже нельзя объяснить через значения корня -вер- и приставки про-.

Вопрос не имеет однозначного ответа. Исторически во всех названных словах общий корень, однако значения слов возникнуть и вникнуть утратили изначальную связь с семой "направленного движения куда-либо", этим можно объяснить невыделение приставок на синхронном уровне описания языка.

1. Корень, действительно, деревн-. В нем есть беглая гласная. Проверить можно, изменяя слово по падежам и числам: деревня - нет деревень.

2. Ответ аналогичен. Есть формы слов (не являющиеся отдельными, новыми словами): пять шишек, шесть кружек.

Да, пунктуация в исходной фразе неправильная. Предложенный Вами вариант корректен.

Опечатки в рекомендации нет. Словари фиксируют формы с ударением на окончании: коростеля́, коростели́. В «Словаре ударений русского языка» И. Л. Резниченко к слову коростель дан такой комментарий: «Иное распределение ударения в формах этого слова, встречающееся не только в обыденной речи, но и у поэтов, все же является отступлением от литературной нормы». Приведем поэтические примеры.

Растет, бушует, плачет и смеется
Жизнь городов в сиянии страстей,
А здесь все неизменным остается:
И вопли вьюг, и скрип коростелей.
                           А. И. Тиняков. Деревня (1919)

И все поющие на воле
Жильцы лесов родной земли ―
Кукушки, иволги; а в поле ―
Перепела, коростели;
                           А. М. Жемчужников. На родине (1884.04.27)

Кричат перепела, трещат коростели,
Ночные бабочки взлетели,
И поздних соловьев над речкою вдали
Звучат порывистые трели. 
                           А. А. Фет. «Кричат перепела, трещат коростели...» (1859)

Чуть слышно над ручьем колышется тростник;
Глас петела вдали уснувши будит селы;
В траве коростеля я слышу дикий крик,
В лесу стенанье Филомелы…
                         В. А. Жуковский. Вечер (1806)

Вот коростеля крик
Послышался опять...
Зачем стою во мгле?
Зачем не сплю в постели?
Скорее спать!
Ночами надо спать!
Настойчиво кричат
Об этом коростели...
                       Н. М. Рубцов. Ночное ощущение (1969)

Данные примеры иллюстрируют не чередование в корне; это примеры разных (хотя и похожих внешне) корней.

При морфемном анализе в слове фонетика выделяется корень фон- (ср. с однокоренными словами фон, фонология, фонема, фоноскоп и т. п.), асемантический элемент -ет- (интерфикс) и суффикс -ик-, при помощи которого образуются производные слова, называющие научные направления и сферы занятий, ср.: лингвист-ик-а, электрон-ик-а, энерг-ет-ик-а, систем-ат-ик-а и др. Элементы -ет- (фон-ет-ик-а, энерг-ет-ик-а и др.) и -ат- (систем-ат-ик-а и др.) могут рассматриваться либо как интерфиксы, либо как элементы, образующие варианты суффикса -ик-: -етик- и -атик-.

При синхроническом словообразовательном анализе, который опирается на смысловые связи слов в современном языке, слово фонетика считается непроизводным, суффикс не выделяется (см. «Словообразовательный словарь русского языка» под ред. А. Н. Тихонова). Такой подход основывается на сравнении общеупотребительных значений слов фон и фонетика (фон — ‘шум’, фонетика — ‘наука о звуковых средствах языка’), между которыми отношения производности на первый взгляд отсутствуют. Однако в лингвистике термином фон обозначают ‘звук’, поэтому даже при словообразовательном анализе, целью которого является не установление состава морфем слова, а анализ его словообразовательных связей, некорректно рассматривать слово фонетика как непроизводное.

Правильно: семья Лукашук, от семьи Лукашук. В разговорной речи допустимо: от Лукашуков.

Ошибку можно охарактеризовать как речевую, так как грамматически конструкция работать с корректна (ср.: работать со словарем, с коллегами, с анкетами), однако зависимое слово в ней выбрано неудачно. Это проблема лексической сочетаемости. Нормально выражение заниматься домашними делами.