Смысловые особенности конструкции включая, но не ограничиваясь исчерпывающе обсуждаются в ответах нашей справочной службы. Если в конструкции имеется компонент не ограничиваясь, то ее толкование однозначно (перечень не закрыт, допустимо включение в него других элементов). Если в конструкции этот компонент отсутствует и имеется только включая, то вести речь о том, что еще и идея ограниченности выражена, не следует. Такой смысловой признак должен быть обозначен дополнительно, соответствующими лексемами. 

1. После определительных, указательных и притяжательных местоимений не выделяется определительный оборот, если он тесно примыкает к ним (как в приведенном примере). 2. Запятая нужна.

В словарях зафиксирована частица а, выражающая сильное удивление, восхищение или возмущение и занимающая заключительную позицию в вопросительном или восклицательном предложении. Следовательно, после нее возможен как тот, так и другой знак, а также их сочетание. Частица ну в подобной функции и в этой позиции в словарях не отмечена, но очевидно, что пунктуация при ней будет такой же, как при частице а.

То же самое  пишется в три слова. Местоимение и частицу то же не следует путать с союзом тоже (который имеет значение "в равной мере, также").

Это выражение устойчивым не является. Вероятно, это искаженный фразеологизм: ВАРИТЬСЯ В СОБСТВЕННОМ СОКУ. Разг. Жить и работать вне связи с общественной жизнью, изолированно от неё.

Верно: После этого прозвучала композиция «D’You Know What I Mean?».

В русском языке названия произведений, документов и других объектов, записанные на латинице, обычно не выделяют кавычками, поскольку латиница сама по себе служит достаточно сильным средством выделения. Однако запрета на использование кавычек в сочетании с названиями, написанными латиницей, нет. В приведенном примере уместно использовать кавычки, чтобы избежать конфликта знаков препинания в конце предложения.

Допустимо. Но этот вариант не основной.

В первом случае вводное слово не выделяется, так как входит в состав обособленного оборота. Во втором случае слова "по мнению" входят в состав предложения на правах члена предложения (сближаясь по значению со словами "по версии").

В первых двух предложениях вместо тире и запятой следует поставить двоеточие: Я не сомневалась, что мне приснятся пораженные чумой города: когда я чем-то долго занималась, сны становились продолжением дневных занятий. Хорошо, что я защищен: не очень приятно ловить такие подарочки.

В третьем предложении запятая нужна: Нельзя утверждать, что уроки оказались бесполезными, – из них я вынес первые знания об анатомии.