Словари, о которых Вы говорите, создавались в разное время и отражают разные этапы освоения этого слова русским языком. Раньше нормой был вариант альпака́ — несклоняемое существительное с ударением на последнем слоге. Сейчас словари фиксируют это существительное как склоняемое с ударением на втором слоге, причем возможны варианты: альпа́к (мужской род) и альпа́ка (женский род).
Омонимы – слова одной и той же части речи, имеющие одинаковое звучание, написание и грамматическое оформление, но разное значение. Если между значениями многозначного слова прослеживаются смысловые связи, основанные на разных типах переноса наименования, то у омонимов значения не связаны между собой, у них нет общих смысловых компонентов (в отличие от разных значений многозначного слова). Омонимы являются разными словами.
Вопрос интересный. Всесторонне аргументированный и четкий ответ на него требует наблюдений над обширным текстовым материалом. Пока же отметим, что в лексическом составе и в грамматической структуре «следующей фразы» в приведенном Вами примере нет ничего, что однозначно указывало бы на определенную интонацию, а следовательно, эта интонация может быть разной, что отражается в разных знаках конца предложения.
Слова инфекция и инфицировать пришли в русский язык в разное время и разными путями. Инфекция заимствовано во второй половине XIX в. из ученой латыни, где infectio — суф. производное от inficere «заражать». Инфекция буквально — «зараза». Глагол инфицировать пришел к нам через немецкий язык, буква «и» здесь соответствует немецкому: infizieren.
Провожу – форма глагола проводить, проведу – форма глагола провести. Оба слова есть в русском литературном языке, у них разное значение: проводить – расставаясь с кем-л., пройти вместе до какого-л. места (я не хочу так быстро с тобой расставиться, давай провожу до остановки); провести – ведя, сопровождая или направляя, помочь, дать возможность пройти, проехать (вы можете заблудиться в нашем микрорайоне, давайте я вас проведу до остановки).
1. См. здесь.
2. Термины воинская часть и войсковая часть имеют разное значение.
Воинская часть - организационно самостоятельная боевая и административно-хозяйственная единица во всех видах вооруженных сил, содержащаяся по установленному штату.
Войсковая часть (по сведениям "Википедии", с отсылкой к "Военному энциклопедическому словарю") — условное (открытое) цифровое наименование (номер) воинской части, корабля, соединения (корпус, дивизия, бригада) и учреждения Вооружённых сил.
Преднамеренные ошибки в нормативном словаре невозможны. Нормативный словарь для того и создается, чтобы кодифицировать норму, отвечать на вопрос «Как правильно?». Но, разумеется, любой словарь (как печатный, так и электронный) не застрахован от банальных опечаток, а кроме того, всегда сложно кодифицировать новые слова, недавно заимствованные языком. Такие слова часто испытывают колебания в написании, поэтому их фиксация в разных словарях может быть разной.
Очевидно, здесь хорошо если означает 'в лучшем случае' и явно стремится к функции частицы. Сравним частицы, образованные на базе слова хорошо: хорошо ещё, хорошо хоть. В практике письма встречается разное пунктуационное оформление сочетания хорошо если в подобных контекстах, о чём пишет М. М. Харченко в статье о нерешенных вопросах современной пунктуации. В справочниках и специальных словарях сочетание не приводится.
Корректно: будем встречать маму в аэропорту́. Тенденцию к сдвигу ударения на окончание испытывают, главным образом, односложные существительные мужского рода (поэтому в порта́х, но в аэропо́ртах). Для имеющих разное значение форм предложного падежа существительных мужского рода важно различение не только гласных в окончаниях, но и места ударения (ср.: о по́рте — в порту́, в аэропо́рте — в аэропорту́).
Логичное объяснение - конкуренция вариантов с конечной частью -метрия. В русском языке множество слов, в которых эта часть ударная или безударная. Эти колебания (как и в других словах на -ия) обусловлены взаимодействием и смешением греческой и латинской акцентологической модели, влиянием заимствований из западноевропейских языков, воздействием языков-посредников. Ударение также зависит от количества слогов в словах, оканчивающихся на -ия. В симметрии и асимметрии разное количество слогов.
