Возможно как с запятой, так и без запятой: В связи с произошедшими не по вине ОАО "Корона" срывами договорных сроков, (новые) сроки разработки проекта будут окончательно определены после получения задания.

В приведенном Вами примере знаки препинания расставлены верно (за исключением того, что восклицательный знак следует поставить после кавычек), однако кавычки здесь нужны лишь потому, что в них заключено название упоминаемого проекта. 

Данная ситуация правилами не описана. Нужно пользоваться привычными для читателя средствами, чтобы текст был понятен. Набор курсивом — неудачное решение. Качество звука нужно описать лексическими средствами, а диалог оформить традиционным способом.

— Алло, это ты, что ли?

— Ага, кто же ещё, — потрескивающим из-за плохой связи голосом сказал Гена.

— И где ты?

— А, ну это, — неуверенно начал он, — в Москве, ясное дело.

— Чего?

— Ну, в Москве. — Гене явно было немного неловко. — А я не говорил разве?

Слово лидировать существует, но в литературном языке этот глагол непереходный, то есть нельзя сказать лидировать что-то.

Это калька с английского, и она не вошла в языковую норму. Верно: руководить проектом, возглавлять проект.

Московская электронная школа как название организации, электронного ресурса, проекта правильно писать с заглавной буквы. Но теоретически это сочетание может быть использовано и не как название, тогда его нужно писать со строчной буквы. 

Запятая ставится, так как это сложносочиненное предложение, то есть предложение с двумя грамматическими основами (проект был отклонен и служебная записка была подготовлена). Причин, по которым запятая в сложносочиненном предложении не ставится, здесь нет.

Во мн. ч. "приказов" - не собственное наименование, прописная не нужна. В ед. ч. (в названии конкретного приказа) ситуация иная: нужна большая буква, если слово "Приказ" употребляется вместо полного названия документа (в функции полного названия).

Проект нового свода правил русского правописания, работа над которым велась Орфографической комиссией РАН десять лет назад, утвержден не был. В настоящее время официально действующими по-прежнему являются «Правила русской орфографии и пунктуации», принятые в 1956 году.

Ваш вопрос касается скорее делопроизводства, чем русского языка. Ходатайствовать - "обращаться с просьбой к официальным лицам, учреждениям; просить, хлопотать". Если технический директор именно просит, чтобы сотруднику предоставили отпуск, то в этом случае такое слово уместно.