Вне зависимости от того, указывает ли местоимение их на слова олени или ареалы, оба придаточных относятся к одному главному: сохраняются разные ареалы обитания, хотя... их ничего не разделяет и (хотя) все.... животные родились после падения «железного занавеса». На наш взгляд, в данном случае вариантов нет, запятая не нужна.

Подлежащее, присоединяемое сочетанием а затем и, связано со сказуемым, что проявляется, например, в форме числа этого сказуемого. Так, в одном из приведенных Вами примеров сказуемое одобрили явно относится не просто к первому подлежащему кабинет министров, а к соединению двух подлежащих — кабинет министров, а затем и парламент; запятая после подлежащего парламент нарушает синтаксическую связь между ним и сказуемым.

В параграфе 12.7 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя есть правило: «После однородного члена предложения, присоединяемого союзом а также или а то и, запятая не ставится, т. е. он не обособляется: Всеобщая грамотность населения, а также широкая пропаганда научных знаний должны способствовать неуклонному росту культуры в нашей стране; Бывает трудно, а то и невозможно сразу разобраться в подобной ситуации». Союзное соединение а затем и выражает те же отношения факультативного присоединения, что и а также и а то и, поэтому правило можно применить и здесь.

Окончание -и во втором варианте – вероятно, ошибка или опечатка, а вопрос в том, склонять ли название при склонении родового слова улица? Названия улиц в сочетании с родовым словом улица обычно склоняются, если название – женского рода: на улице Волхонке, на улице Таганской, на улице Большой Лубянке (впрочем, в официальных документах, в канцелярской речи распространено несклонение). Названия улиц мужского рода обычно не склоняются: на улице Балчуг, по улице Кузнецкий Мост.

Возможно слитное и раздельное написание. Слитно пишется наречие вдаль (глядеть вдаль), раздельно – сочетание предлога с существительным (в даль моря, в даль веков, в даль прожитых лет, всматриваться в даль). 

Разграничить случаи слитного и раздельного написания иногда очень сложно. Подробнее см. в статье Н. Б. Кошкарёвой «Куда уходит дорога? И куда уходит жизнь? (о слитном / раздельном написании вдаль и в даль)» во втором выпуске сборника научных трудов по материалам Тотального диктанта. 

Если речь идет именно о названии, а не о доменном имени, то названия на -А нужно склонять по образцу существительных первого школьного склонения: на Грамоте.Ру, но по адресу www.gramota.ru.

Разнобой возникает с существительными второго склонения, ср.: на "Яндексе", но на Мейл.Ру (не на Мейле.Ру).

При всем этом важно, чтобы при склонении названия не потерялась информативная функция сообщения, чтобы собеседник действительно понял, о каком сайте идет речь.

В первом предложении фразы действительно нужно оформить как прямую речь, поскольку они были сказаны; предложенный Вами вариант расстановки знаков корректный. Во втором предложении представлены не сказанные фразы, а внутренняя речь, принадлежащая автору; здесь не требуется кавычек, однако двоеточие нужно: Даже сейчас, когда я сижу здесь и пишу эту книгу, воодушевленная доверием и поддержкой стольких людей, которыми я восхищаюсь, меня не покидает мысль: а захочет ли кто-нибудь читать эту книгу?

Правильные варианты помогает выбрать знание падежных окончаний. Каждый из примеров (кроме последнего, правильно: при взаимодействии) следует рассматривать в контексте. В первом, четвертом и пятом примерах могут быть формы как винительного, так и предложного падежа. Во втором и третьем примерах это может быть как падежные формы существительных, так и предлоги. От этого зависит и выбор окончаний. Подробно о склонении существительных см. в пособии Е. И. Литневской (тип «пение»).

Это несколько разные случаи. Сочетание я думаю во втором примере вводное, выражающее неуверенность говорящего: Я думаю, я понимаю тебя. В первом примере сочетание я знаю можно понять как вводное, подчеркивающее уверенность говорящего (вводное сочетание легко меняет позицию, сравним: Ты, я знаю, хочешь), а можно — как первую часть бессоюзного сложного предложения с изъяснительными отношениями, которая прочитывается с интонацией предупреждения; в этом случае нужно двоеточие: Я знаю: ты хочешь.